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【求助/交流】請(qǐng)教高手：利用生物信息學(xué)對(duì)代謝路徑的研究，希望提供有價(jià)值的思路，重?
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| 我們對(duì)一株菌進(jìn)行了全基因組測(cè)序，想研究這株菌對(duì)一種多環(huán)芳烴的降解機(jī)制，找出關(guān)鍵基因。但現(xiàn)在對(duì)這種多環(huán)芳烴的降解機(jī)制研究的很少，只有在真核中有少數(shù)的報(bào)道，且研究的很淺。除了應(yīng)用二維電泳以外，還有別的方法嗎？既然全基因組測(cè)序了，我想利用這種基因組的優(yōu)勢(shì)入手，應(yīng)用生物信息學(xué)方面的技術(shù)或別的思路。希望大家可以提供有價(jià)值的思路？對(duì)有價(jià)值的思路重賞 |
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scelab(金幣+3, EPI+1): 辛苦了~~~ 2011-04-09 22:36:29
qingtingzhe(金幣+20): 提供一個(gè)思路 2011-04-09 23:02:39
scelab(金幣+3, EPI+1): 辛苦了~~~ 2011-04-09 22:36:29
qingtingzhe(金幣+20): 提供一個(gè)思路 2011-04-09 23:02:39
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Nitroaromatic Compounds, from Synthesis to Biodegradation 這個(gè)是10年的，我沒有權(quán)限。 Anaerobic Catabolism of Aromatic Compounds: a Genetic and Genomic View 這個(gè)09年的可以免費(fèi)下載，將近14M，60多頁，我就不給你下了。 再往前還有類似綜述文章，你可以找找看。 http://mmbr.asm.org/archive/ |
12樓2011-04-09 21:37:34
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
scelab(金幣+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金幣+10): 2011-04-10 17:47:34
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
scelab(金幣+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金幣+10): 2011-04-10 17:47:34
| 我個(gè)人的思路：一是從代謝產(chǎn)物入手，通過代謝產(chǎn)物的分子結(jié)構(gòu)鑒定，來預(yù)測(cè)可能的降解途徑，預(yù)測(cè)可能參與降解代謝的酶，再在你的菌株基因組中找到相應(yīng)的基因。然后通過克隆異源表達(dá)，在生化水平上來驗(yàn)證。二是從已報(bào)道的降解途徑入手，在你的基因組里找到類似的基因，再進(jìn)行類似的研究。 |
16樓2011-04-10 12:13:44
scelab
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scelab(金幣+3): 通過基因預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)，然后從結(jié)構(gòu)入手討論功能，很高的idea 2011-04-08 22:59:58
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scelab(金幣+3): 通過基因預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)，然后從結(jié)構(gòu)入手討論功能，很高的idea 2011-04-08 22:59:58
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qingtingzhe(金幣+3): 2011-04-09 11:32:03
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有了基因組不一定代表有了一切 多環(huán)芳烴的降解是個(gè)很復(fù)雜的過程 不知道你是幾元環(huán)？ 降解基因、調(diào)控基因、還有轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)蛋白可能都有影響 所以不是那么好做 KEGG上只有一些目前公認(rèn)的途徑 我覺得是否可以通過基因預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)，然后從結(jié)構(gòu)入手討論功能 然后再用實(shí)驗(yàn)證明 |
6樓2011-04-08 22:51:45
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scelab: 如果經(jīng)費(fèi)充足，做2D蛋白吧，MELDI-TOF,貌似比較貴，500塊錢一個(gè)點(diǎn)。既然全基因組已知，這個(gè)方法可行。關(guān)鍵是money，你懂的~~~ 2011-04-09 19:11:01
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我們做的是五環(huán)的苯并芘。問題的關(guān)鍵是，怎么找到與降解有關(guān)的關(guān)鍵基因。我想找到一個(gè)或幾個(gè)關(guān)鍵基因，然后做克隆，表達(dá)，敲出。到哪現(xiàn)在相關(guān)報(bào)道較少，只在真核中，有少數(shù)報(bào)道。希望能提供個(gè)思路。必有重賞��！勞駕了 |
10樓2011-04-09 11:31:32
永遠(yuǎn)不知道
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14樓2011-04-10 00:18:43
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