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qingtingzhe銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助/交流】請(qǐng)教高手:利用生物信息學(xué)對(duì)代謝路徑的研究,希望提供有價(jià)值的思路,重?
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| 我們對(duì)一株菌進(jìn)行了全基因組測(cè)序,想研究這株菌對(duì)一種多環(huán)芳烴的降解機(jī)制,找出關(guān)鍵基因。但現(xiàn)在對(duì)這種多環(huán)芳烴的降解機(jī)制研究的很少,只有在真核中有少數(shù)的報(bào)道,且研究的很淺。除了應(yīng)用二維電泳以外,還有別的方法嗎?既然全基因組測(cè)序了,我想利用這種基因組的優(yōu)勢(shì)入手,應(yīng)用生物信息學(xué)方面的技術(shù)或別的思路。希望大家可以提供有價(jià)值的思路?對(duì)有價(jià)值的思路重賞 |
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木蟲(chóng)之王 (文壇精英)
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Nitroaromatic Compounds, from Synthesis to Biodegradation 這個(gè)是10年的,我沒(méi)有權(quán)限。 Anaerobic Catabolism of Aromatic Compounds: a Genetic and Genomic View 這個(gè)09年的可以免費(fèi)下載,將近14M,60多頁(yè),我就不給你下了。 再往前還有類似綜述文章,你可以找找看。 http://mmbr.asm.org/archive/ |
| 我個(gè)人的思路:一是從代謝產(chǎn)物入手,通過(guò)代謝產(chǎn)物的分子結(jié)構(gòu)鑒定,來(lái)預(yù)測(cè)可能的降解途徑,預(yù)測(cè)可能參與降解代謝的酶,再在你的菌株基因組中找到相應(yīng)的基因。然后通過(guò)克隆異源表達(dá),在生化水平上來(lái)驗(yàn)證。二是從已報(bào)道的降解途徑入手,在你的基因組里找到類似的基因,再進(jìn)行類似的研究。 |
榮譽(yù)版主 (文壇精英)
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
木蟲(chóng)之王 (文壇精英)
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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有了基因組不一定代表有了一切 多環(huán)芳烴的降解是個(gè)很復(fù)雜的過(guò)程 不知道你是幾元環(huán)? 降解基因、調(diào)控基因、還有轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)蛋白可能都有影響 所以不是那么好做 KEGG上只有一些目前公認(rèn)的途徑 我覺(jué)得是否可以通過(guò)基因預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu),然后從結(jié)構(gòu)入手討論功能 然后再用實(shí)驗(yàn)證明 |
木蟲(chóng)之王 (文壇精英)
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銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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我們做的是五環(huán)的苯并芘。問(wèn)題的關(guān)鍵是,怎么找到與降解有關(guān)的關(guān)鍵基因。我想找到一個(gè)或幾個(gè)關(guān)鍵基因,然后做克隆,表達(dá),敲出。到哪現(xiàn)在相關(guān)報(bào)道較少,只在真核中,有少數(shù)報(bào)道。希望能提供個(gè)思路。必有重賞!勞駕了 |
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