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[交流]
【求助】Autodock分析請教
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1我運行完Autodock后產(chǎn)生dlg文件，然后我用寫字板打開，將氨基酸殘基坐標全部取出，然后復制到UltraEdit，轉換成PDB格式，最后用GaussView打開。發(fā)現(xiàn)底物從選取的氨基酸里跑出來了，并沒有對接。請問這是出什么問題了？應該怎么辦？ 2我找的體系是帶有底物的酶，我把底物取出來，試試Autodock能否對接成功。應該可以正確對接的，殘基是根據(jù)文章選取的，為何會出現(xiàn)這種情況，難道文章提供的活性中心殘基有問題？謝謝 3另外，還要請教下，按照手冊分析，但結果可以弄出圖片，難道手冊上的分析是用來查看的，去坐標還是在dlg去吧，dlg是最終結果吧？ 4另外還有一個重要的問題請教，看到PDB中有氨基酸分A,B,那么在ADT中輸入氨基酸時，要添加AB類型吧，我試了不能添加。請指教 |
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2樓2011-04-11 08:20:19
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-04-11 08:31:36
游子8921(金幣+10): QQ:592930344具體問題還要討教 2011-04-11 15:05:12
zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-04-11 08:31:36
游子8921(金幣+10): QQ:592930344具體問題還要討教 2011-04-11 15:05:12
| 第二個問題：你應該選擇的是LGA算法，這個算法的缺點正是他的重現(xiàn)性不太好，計算的初始條件是隨機的，你選擇的盒子應該過大了。解決的方法是在一開始去掉配體的時候，看好其活性中心在哪，盒子應該是剛剛包括配體和你覺得應該會發(fā)生作用的氨基酸的殘疾，然后重復計算20次以上，這樣應該得出的結果與真實情況最接近，但是不可能完全相同的（樓主應該知道的，呵呵，理論嘛，不成熟的） |
3樓2011-04-11 08:25:12
4樓2011-04-11 08:27:32
5樓2011-04-11 08:28:46
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18樓2016-07-09 20:29:26
簡單回復
longytu16樓
2012-04-03 08:00
回復
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣-20 2012-04-03 18:42:16
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:42
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:42 ]
chaizhm: 金幣-20 2012-04-03 18:42:16
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:42
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