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游子8921

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[交流] 【求助】Autodock分析請(qǐng)教

1我運(yùn)行完Autodock后產(chǎn)生dlg文件，然后我用寫字板打開，將氨基酸殘基坐標(biāo)全部取出，然后復(fù)制到UltraEdit，轉(zhuǎn)換成PDB格式，最后用GaussView打開。發(fā)現(xiàn)底物從選取的氨基酸里跑出來(lái)了，并沒有對(duì)接。請(qǐng)問這是出什么問題了？應(yīng)該怎么辦？
2我找的體系是帶有底物的酶，我把底物取出來(lái)，試試Autodock能否對(duì)接成功。應(yīng)該可以正確對(duì)接的，殘基是根據(jù)文章選取的，為何會(huì)出現(xiàn)這種情況，難道文章提供的活性中心殘基有問題？謝謝
3另外，還要請(qǐng)教下，按照手冊(cè)分析，但結(jié)果可以弄出圖片，難道手冊(cè)上的分析是用來(lái)查看的，去坐標(biāo)還是在dlg去吧，dlg是最終結(jié)果吧？
4另外還有一個(gè)重要的問題請(qǐng)教，看到PDB中有氨基酸分A,B,那么在ADT中輸入氨基酸時(shí)，要添加AB類型吧，我試了不能添加。請(qǐng)指教

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1樓 2011-04-10 16:31:49

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wuhaigang

木蟲 (著名寫手)

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zh1987hs(金幣+3): 謝謝 2011-04-11 08:31:42

第三個(gè)問題：其實(shí)是可視化的選擇問題，autodock已經(jīng)做好了配套的可視化軟件MGLtools，用它應(yīng)該可以得到最后的結(jié)果和圖片，效果看樓主的水平了，呵呵，反正可以做的很漂亮的，就像autodock的主頁(yè)上的圖片。

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4樓2011-04-11 08:27:32

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wuhaigang

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zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-04-11 08:31:30

第一個(gè)問題：你選擇的不是對(duì)接好的結(jié)果的具體坐標(biāo)，而是選擇的一開始你輸入分子時(shí)候的坐標(biāo)，autodock在一開始會(huì)計(jì)算一下你初始輸入坐標(biāo)的能量，然后再進(jìn)行盒子里面的能量對(duì)接。解決方法是下載MGLtools1.5.4，里面的analyze中有rank by energy 選取能量最低的那個(gè)即可

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2樓2011-04-11 08:20:19

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wuhaigang

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zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-04-11 08:31:36
游子8921(金幣+10): QQ:592930344具體問題還要討教 2011-04-11 15:05:12

第二個(gè)問題：你應(yīng)該選擇的是LGA算法，這個(gè)算法的缺點(diǎn)正是他的重現(xiàn)性不太好，計(jì)算的初始條件是隨機(jī)的，你選擇的盒子應(yīng)該過大了。解決的方法是在一開始去掉配體的時(shí)候，看好其活性中心在哪，盒子應(yīng)該是剛剛包括配體和你覺得應(yīng)該會(huì)發(fā)生作用的氨基酸的殘疾，然后重復(fù)計(jì)算20次以上，這樣應(yīng)該得出的結(jié)果與真實(shí)情況最接近，但是不可能完全相同的（樓主應(yīng)該知道的，呵呵，理論嘛，不成熟的）

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3樓2011-04-11 08:25:12

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zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-11 08:31:49

第四個(gè)我沒有遇見過，根據(jù)個(gè)人經(jīng)歷，是不是作用原子的類型啊，想S O 等等。呵呵，這個(gè)我不太會(huì)

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5樓2011-04-11 08:28:46

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