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Jfreda

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[交流] 【討論】grompp產(chǎn)生的問(wèn)題

用grompp -f em.mdp -c kor.gro -p kor.top -o kor.tpr產(chǎn)生了如下提示信息：
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 523524.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.735, 0.701 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.735, 0.701 nm

WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (1.435946) is larger than
  rlist (1.000000)
問(wèn)一下我是不是把rlist值變大就可以了，還是需要其他的修改��？

[ Last edited by Jfreda on 2011-4-13 at 13:57 ]

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1樓 2011-04-12 20:59:38

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Jfreda

鐵蟲 (小有名氣)

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郁悶啦，

自己頂！

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3樓2011-04-14 15:02:32

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Jfreda

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怎么沒(méi)人回復(fù)呢，自己頂頂！

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2樓2011-04-13 14:41:20

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whl2dxl

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★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-04-22 08:52:35
Jfreda(金幣+5): 2011-04-22 12:57:10

通常這個(gè)與你mdp文件的設(shè)置有關(guān)，比如運(yùn)用什么方法進(jìn)行求算（例如溫度或壓力用什么方法進(jìn)行控制）如果這些都適合你的體系，在你RLIST小于盒子邊長(zhǎng)一半的情況下，你可以通過(guò)增加rlist以符合動(dòng)力學(xué)模擬的要求，通常條件下Rlist要小于Rvdw

[ Last edited by whl2dxl on 2011-4-22 at 17:30 ]

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4樓2011-04-22 00:20:12

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jackwangee

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★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by Jfreda at 2011-04-14 15:02:32
郁悶啦，

自己頂！

我也遇見(jiàn)一樣的問(wèn)題，，請(qǐng)問(wèn)樓主解決了嗎？

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5樓2013-10-31 14:08:50

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