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[交流]
【求助】求助差分電荷密度的腳本！
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| 各位大蝦，本人最近一直想找一個處理查分電荷密度的腳本，有的希望大家發(fā)一個給我。順便說一下我的做差分電荷密度的方法不知道這樣是不是行：我做的也是吸附，首先我做了一次靜態(tài)計算，里面沒有設置NGFX,NGFY,NGFZ參數(shù)。下一步我就是把這四個輸入文件放到一個文件夾下面，只是修改了其中的INCAR的ICHARG=12，同樣并沒有設置NGFX,NGFY,NGFZ參數(shù)，這樣又得到了一個CHACAR。不知道這樣可不可以希望大家給點建議，很是感激了，我也很急。如果我這個方法是對的希望，有人能發(fā)一個處理這個的腳本，我的郵箱是hwp22651304@163.com。收到后重金感謝！ |
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haowenping(金幣+1):謝謝參與
zzy870720z(金幣+1): 謝謝指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金幣+2): 非常感謝，這個是不是要在linux下安裝？ 2011-04-14 08:54:43
haowenping(金幣+1):謝謝參與
zzy870720z(金幣+1): 謝謝指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金幣+2): 非常感謝，這個是不是要在linux下安裝？ 2011-04-14 08:54:43
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lev00在下面鏈接： http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/index.html 安裝錢要先安裝ifort和icc 安裝好運行l(wèi)ev00，就會有選項，是計算兩個CHGCAR的差值的。 我想是應該把NGFX， NGFY， NGFZ固定 |
5樓2011-04-13 16:54:47
★ ★
haowenping(金幣+10): 謝謝！你傳個好用的給我吧！ 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金幣+2): 謝謝詳細指點 2011-04-14 09:03:32
haowenping(金幣+10): 謝謝！你傳個好用的給我吧！ 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金幣+2): 謝謝詳細指點 2011-04-14 09:03:32
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方法1，將OUTCAR、POSCAR、CHGCAR-a、CHGCAR-b存在一個目錄，在該目錄下運行l(wèi)ev00，然后根據(jù)提示選擇V（vasp），OUTCAR、POSCAR、然后就是M，然后進去好像是第六項就是做差值的。我們平時畫面電荷密度用的是D！ 方法2，在origin下面建立一個worksheet，第一列和第二列是電荷密度的坐標值，第三列是CHGCAR-a的電荷密度值，第四列是CHGCAR-b的電荷密度值，然后第五列你設置為第三列與第四列的差就行了 |
8樓2011-04-14 08:25:30
2樓2011-04-13 14:48:04
3樓2011-04-13 16:29:55
4樓2011-04-13 16:35:32
7樓2011-04-13 17:33:46
9樓2011-04-14 08:39:09
10樓2011-04-14 08:56:06
11樓2011-04-14 09:25:43
12樓2011-04-14 10:53:51
13樓2011-04-14 10:55:06
14樓2011-04-14 13:02:31
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haowenping(金幣+1):謝謝參與
haowenping(金幣+5): 2011-04-14 16:53:55
haowenping(金幣+1):謝謝參與
haowenping(金幣+5): 2011-04-14 16:53:55
15樓2011-04-14 15:55:48
16樓2011-04-14 16:13:18
17樓2011-04-14 16:15:33
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haowenping(金幣+5): 非常感謝！ 2011-04-14 16:25:51
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-04-14 19:30:35
haowenping(金幣+5): 非常感謝！ 2011-04-14 16:25:51
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-04-14 19:30:35
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那個帖子是我寫的，做2D的圖可以有兩種方法，VESTA在windows下處理，點點鼠標就可以，缺點是標尺沒有刻度值，lev00在linux環(huán)境下，而且用命令處理，再用origin作圖，比較復雜，適合經(jīng)驗豐富的去做，暫時不用摸索lev00了。用VESTA一般可以滿足要求，另外emuch還有一個方法處理CHGCAR在MS里可以視圖http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2382900&fpage=1 |
18樓2011-04-14 16:21:38
19樓2011-04-14 16:28:53
20樓2011-04-14 16:30:19
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你好，我按照你說的那個方法做了下，下面是我在做靜態(tài)自洽時候設置的一些參數(shù)：SYSTEM=AAAAA ENCUT=650 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.2 ISPIN=2 PREC=A LREAL=Auto NELM=200 NELMDL=-5 NELMIN=2 EDIFF=1E-6 NGX=82 NGY=82 NGZ=179 NGXF=164 NGYF=164 NGZF=358 NSIM=4 NELMIN=4 #IBRION=1 #ISIF=4 #EDIFFG=-0.01 #NSW=200 LCHARG=.T. LWAVE=.T. 然后按照你說的那樣做了一次非靜態(tài)自洽計算，我只是改變了一下這個參數(shù)里的ICHARG，把它設置為12。不知道這樣坐行不行，希望得到你的指點！感激涕零了  |
21樓2011-04-14 16:56:44
22樓2011-04-14 20:51:05
23樓2011-04-14 21:17:57
24樓2011-04-15 11:10:09
25樓2011-04-15 11:19:04
26樓2011-04-15 14:54:07
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haowenping(金幣+10): 謝謝！ 2011-04-15 15:45:26
franch(金幣+1): 謝謝指點 2011-04-15 20:45:22
haowenping(金幣+10): 謝謝！ 2011-04-15 15:45:26
franch(金幣+1): 謝謝指點 2011-04-15 20:45:22
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如果是想得到表面吸附物種與基底原子的成鍵，需要三個CHGCAR：CHGCAR1 是吸附物種和基底優(yōu)化后做單點得到，CHGCAR2是把CONCAR中基底原子刪掉，并相應修改INCAR，POTCAR，只算單點得到，CHGCAR3，把CONTCAR中吸附分子刪掉，同樣修改INCAR，POTCAR，再做單點得到（注意：后面兩個的INCAR 中要增加NGFX,NGFY,NGFZ，與第一個計算保持一樣）。然后，將三個CHGCAR做差得到CHGDIFF。最后，處理CHGDIFF有多種方法，最簡單的是用VESTA（這個沒有教程，自己摸索），第二個方法可以用lev00，配合origin做圖，lev00教程里有這個方法的說明。第三個方法用emuch上流傳的MS讀取charge density的方法做（emuch搜索）。 |
27樓2011-04-15 15:23:18
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你好，謝謝你的回答，我還想問下：也就是說，我先總體的做了一次靜態(tài)自洽計算。得到了CHGCAR1，然后呢，我把吸附原子去掉只剩下基底原子了，此時，我是要改變POTCAR的，但是INCAR中是要設置NGXF，NGYF,NGZF參數(shù)的，這些參數(shù)應該怎么設置？有什么標準沒？如果把他設置成為NGX，NGY,NGZ的2倍行不行？這樣得到了CHGCAR2文件。第三步就是把基底原子都刪除，只做吸附原子的靜態(tài)計算，（如果我只吸附了一個原子，是不是就只用這一個原子的靜態(tài)計算），此時的INCAR中，我是不是直接用第二步的INCAR文件中設置的參數(shù)？這樣我就得到了CHGCAR3。我還想問下，應該怎么將這三個電荷作差呢？怎么才能得到你說的那個CHGDIFF文件呢？希望繼續(xù)指教，謝謝！ |
28樓2011-04-15 15:59:36
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franch(金幣+1): 鼓勵交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金幣+5): 謝謝！ 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金幣+5): 謝謝,只是我又遇到了新的問題，希望你能幫忙解決下！ 2011-04-16 09:05:34
franch(金幣+1): 鼓勵交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金幣+5): 謝謝！ 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金幣+5): 謝謝,只是我又遇到了新的問題，希望你能幫忙解決下！ 2011-04-16 09:05:34
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NGXF，NGYF,NGZF由第一個CHGCAR讀取，分別寫在后兩個INCAR中，做差的方法原理是矩陣相減，具體的腳本你可以在網(wǎng)上找一下，好像http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/#DOS，有perl的腳本，試試看吧 |
29樓2011-04-15 19:00:33
30樓2011-04-15 21:30:33
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42樓2011-04-16 17:45:04
43樓2011-04-16 17:54:05
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
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請問可以傳一份lev00安裝包及安裝教程嗎，xiexie !以前有一份2.46版本的，但對這侯爺爺?shù)慕坛桃恢卑惭b不成功!我的郵箱：cxcxiaocao@163.com，謝謝！ |
44樓2011-11-16 16:07:08
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
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前輩你好，關于lev00，同學給我傳了個2.46版本的，我根據(jù)侯爺爺?shù)膌ev00處理電荷密度的教程，在進行安裝變異的時候，運行l(wèi)ev00.comp生成可執(zhí)行的lev00程序的時候老是出錯說什么tools_strings出錯，不知道怎么回事，很是無助，后面的工作也做不下去，內(nèi)心一片惶恐，求前輩指導，或傳一份lev00的安裝包及安裝教程，郵箱：cxcxiaocao@163.com,萬分感謝！ |
45樓2011-11-16 16:16:39
46樓2014-04-22 18:51:25
簡單回復
2011-04-13 17:09
回復
haowenping(金幣+1):謝謝參與
bingmou(金幣-1): 2011-04-13 19:02:42
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