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haowenping木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】求助差分電荷密度的腳本！
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| 各位大蝦，本人最近一直想找一個(gè)處理查分電荷密度的腳本，有的希望大家發(fā)一個(gè)給我。順便說(shuō)一下我的做差分電荷密度的方法不知道這樣是不是行：我做的也是吸附，首先我做了一次靜態(tài)計(jì)算，里面沒(méi)有設(shè)置NGFX,NGFY,NGFZ參數(shù)。下一步我就是把這四個(gè)輸入文件放到一個(gè)文件夾下面，只是修改了其中的INCAR的ICHARG=12，同樣并沒(méi)有設(shè)置NGFX,NGFY,NGFZ參數(shù)，這樣又得到了一個(gè)CHACAR。不知道這樣可不可以希望大家給點(diǎn)建議，很是感激了，我也很急。如果我這個(gè)方法是對(duì)的希望，有人能發(fā)一個(gè)處理這個(gè)的腳本，我的郵箱是hwp22651304@163.com。收到后重金感謝！ |
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haowenping(金幣+1):謝謝參與
zzy870720z(金幣+1): 謝謝指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金幣+2): 非常感謝，這個(gè)是不是要在linux下安裝？ 2011-04-14 08:54:43
haowenping(金幣+1):謝謝參與
zzy870720z(金幣+1): 謝謝指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金幣+2): 非常感謝，這個(gè)是不是要在linux下安裝？ 2011-04-14 08:54:43
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lev00在下面鏈接： http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/index.html 安裝錢(qián)要先安裝ifort和icc 安裝好運(yùn)行l(wèi)ev00，就會(huì)有選項(xiàng)，是計(jì)算兩個(gè)CHGCAR的差值的。 我想是應(yīng)該把NGFX， NGFY， NGFZ固定 |
5樓2011-04-13 16:54:47
songdewang
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haowenping(金幣+10): 謝謝！你傳個(gè)好用的給我吧！ 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金幣+2): 謝謝詳細(xì)指點(diǎn) 2011-04-14 09:03:32
haowenping(金幣+10): 謝謝！你傳個(gè)好用的給我吧！ 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金幣+2): 謝謝詳細(xì)指點(diǎn) 2011-04-14 09:03:32
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方法1，將OUTCAR、POSCAR、CHGCAR-a、CHGCAR-b存在一個(gè)目錄，在該目錄下運(yùn)行l(wèi)ev00，然后根據(jù)提示選擇V（vasp），OUTCAR、POSCAR、然后就是M，然后進(jìn)去好像是第六項(xiàng)就是做差值的。我們平時(shí)畫(huà)面電荷密度用的是D！ 方法2，在origin下面建立一個(gè)worksheet，第一列和第二列是電荷密度的坐標(biāo)值，第三列是CHGCAR-a的電荷密度值，第四列是CHGCAR-b的電荷密度值，然后第五列你設(shè)置為第三列與第四列的差就行了 |
8樓2011-04-14 08:25:30
haowenping
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2樓2011-04-13 14:48:04
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haowenping
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songdewang
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14樓2011-04-14 13:02:31
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haowenping(金幣+1):謝謝參與
haowenping(金幣+5): 2011-04-14 16:53:55
haowenping(金幣+1):謝謝參與
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15樓2011-04-14 15:55:48
haowenping
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16樓2011-04-14 16:13:18
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haowenping(金幣+5): 非常感謝！ 2011-04-14 16:25:51
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-04-14 19:30:35
haowenping(金幣+5): 非常感謝！ 2011-04-14 16:25:51
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-04-14 19:30:35
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那個(gè)帖子是我寫(xiě)的，做2D的圖可以有兩種方法，VESTA在windows下處理，點(diǎn)點(diǎn)鼠標(biāo)就可以，缺點(diǎn)是標(biāo)尺沒(méi)有刻度值，lev00在linux環(huán)境下，而且用命令處理，再用origin作圖，比較復(fù)雜，適合經(jīng)驗(yàn)豐富的去做，暫時(shí)不用摸索lev00了。用VESTA一般可以滿足要求，另外emuch還有一個(gè)方法處理CHGCAR在MS里可以視圖http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2382900&fpage=1 |
18樓2011-04-14 16:21:38
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19樓2011-04-14 16:28:53
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20樓2011-04-14 16:30:19
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你好，我按照你說(shuō)的那個(gè)方法做了下，下面是我在做靜態(tài)自洽時(shí)候設(shè)置的一些參數(shù)：SYSTEM=AAAAA ENCUT=650 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.2 ISPIN=2 PREC=A LREAL=Auto NELM=200 NELMDL=-5 NELMIN=2 EDIFF=1E-6 NGX=82 NGY=82 NGZ=179 NGXF=164 NGYF=164 NGZF=358 NSIM=4 NELMIN=4 #IBRION=1 #ISIF=4 #EDIFFG=-0.01 #NSW=200 LCHARG=.T. LWAVE=.T. 然后按照你說(shuō)的那樣做了一次非靜態(tài)自洽計(jì)算，我只是改變了一下這個(gè)參數(shù)里的ICHARG，把它設(shè)置為12。不知道這樣坐行不行，希望得到你的指點(diǎn)！感激涕零了  |
21樓2011-04-14 16:56:44
songdewang
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22樓2011-04-14 20:51:05
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haowenping
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26樓2011-04-15 14:54:07
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haowenping(金幣+10): 謝謝！ 2011-04-15 15:45:26
franch(金幣+1): 謝謝指點(diǎn) 2011-04-15 20:45:22
haowenping(金幣+10): 謝謝！ 2011-04-15 15:45:26
franch(金幣+1): 謝謝指點(diǎn) 2011-04-15 20:45:22
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如果是想得到表面吸附物種與基底原子的成鍵，需要三個(gè)CHGCAR：CHGCAR1 是吸附物種和基底優(yōu)化后做單點(diǎn)得到，CHGCAR2是把CONCAR中基底原子刪掉，并相應(yīng)修改INCAR，POTCAR，只算單點(diǎn)得到，CHGCAR3，把CONTCAR中吸附分子刪掉，同樣修改INCAR，POTCAR，再做單點(diǎn)得到（注意：后面兩個(gè)的INCAR 中要增加NGFX,NGFY,NGFZ，與第一個(gè)計(jì)算保持一樣）。然后，將三個(gè)CHGCAR做差得到CHGDIFF。最后，處理CHGDIFF有多種方法，最簡(jiǎn)單的是用VESTA（這個(gè)沒(méi)有教程，自己摸索），第二個(gè)方法可以用lev00，配合origin做圖，lev00教程里有這個(gè)方法的說(shuō)明。第三個(gè)方法用emuch上流傳的MS讀取charge density的方法做（emuch搜索）。 |
27樓2011-04-15 15:23:18
haowenping
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你好，謝謝你的回答，我還想問(wèn)下：也就是說(shuō)，我先總體的做了一次靜態(tài)自洽計(jì)算。得到了CHGCAR1，然后呢，我把吸附原子去掉只剩下基底原子了，此時(shí)，我是要改變POTCAR的，但是INCAR中是要設(shè)置NGXF，NGYF,NGZF參數(shù)的，這些參數(shù)應(yīng)該怎么設(shè)置？有什么標(biāo)準(zhǔn)沒(méi)？如果把他設(shè)置成為NGX，NGY,NGZ的2倍行不行？這樣得到了CHGCAR2文件。第三步就是把基底原子都刪除，只做吸附原子的靜態(tài)計(jì)算，（如果我只吸附了一個(gè)原子，是不是就只用這一個(gè)原子的靜態(tài)計(jì)算），此時(shí)的INCAR中，我是不是直接用第二步的INCAR文件中設(shè)置的參數(shù)？這樣我就得到了CHGCAR3。我還想問(wèn)下，應(yīng)該怎么將這三個(gè)電荷作差呢？怎么才能得到你說(shuō)的那個(gè)CHGDIFF文件呢？希望繼續(xù)指教，謝謝！ |
28樓2011-04-15 15:59:36
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franch(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金幣+5): 謝謝！ 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金幣+5): 謝謝,只是我又遇到了新的問(wèn)題，希望你能幫忙解決下！ 2011-04-16 09:05:34
franch(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金幣+5): 謝謝！ 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金幣+5): 謝謝,只是我又遇到了新的問(wèn)題，希望你能幫忙解決下！ 2011-04-16 09:05:34
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NGXF，NGYF,NGZF由第一個(gè)CHGCAR讀取，分別寫(xiě)在后兩個(gè)INCAR中，做差的方法原理是矩陣相減，具體的腳本你可以在網(wǎng)上找一下，好像http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/#DOS，有perl的腳本，試試看吧 |
29樓2011-04-15 19:00:33
haowenping
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stractor
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haowenping
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haowenping
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38樓2011-04-16 14:09:51
haowenping
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39樓2011-04-16 14:50:53
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40樓2011-04-16 15:48:43
haowenping
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41樓2011-04-16 16:42:34
42樓2011-04-16 17:45:04
sunyang1988
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43樓2011-04-16 17:54:05
CXC_小草
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請(qǐng)問(wèn)可以傳一份lev00安裝包及安裝教程嗎，xiexie !以前有一份2.46版本的，但對(duì)這侯爺爺?shù)慕坛桃恢卑惭b不成功!我的郵箱：cxcxiaocao@163.com，謝謝！ |
44樓2011-11-16 16:07:08
CXC_小草
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前輩你好，關(guān)于lev00，同學(xué)給我傳了個(gè)2.46版本的，我根據(jù)侯爺爺?shù)膌ev00處理電荷密度的教程，在進(jìn)行安裝變異的時(shí)候，運(yùn)行l(wèi)ev00.comp生成可執(zhí)行的lev00程序的時(shí)候老是出錯(cuò)說(shuō)什么tools_strings出錯(cuò)，不知道怎么回事，很是無(wú)助，后面的工作也做不下去，內(nèi)心一片惶恐，求前輩指導(dǎo)，或傳一份lev00的安裝包及安裝教程，郵箱：cxcxiaocao@163.com,萬(wàn)分感謝！ |
45樓2011-11-16 16:16:39
46樓2014-04-22 18:51:25
簡(jiǎn)單回復(fù)
2011-04-13 17:09
回復(fù)
haowenping(金幣+1):謝謝參與
bingmou(金幣-1): 2011-04-13 19:02:42
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 一志愿大連理工大學(xué)材料求調(diào)劑
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Gymno 2026-03-30 | 5/250 |
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[考研] 一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑 +4 | 披星河 2026-03-30 | 4/200 |
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[考研] 英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠(chéng)求調(diào)劑 +3 | 12.27 2026-03-30 | 5/250 |
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[考研] 食品工程專(zhuān)碩一志愿中海洋309求調(diào)劑 +5 | 小張zxy張 2026-03-26 | 10/500 |
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[考研] 286分調(diào)劑 +10 | Faune 2026-03-30 | 11/550 |
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[考研] 一志愿：西北大學(xué)，英一數(shù)一408-284分求調(diào)劑 +5 | 12.27 2026-03-27 | 5/250 |
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[考研] 一志愿廈門(mén)大學(xué)材料工程專(zhuān)碩354找調(diào)劑�。�！ +5 | 貝唄鋇鋇 2026-03-30 | 5/250 |
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[考研] 材料專(zhuān)碩 085600求調(diào)劑 +7 | BBQ233 2026-03-30 | 7/350 |
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[考研] 283求調(diào)劑（080500） +14 | A child 2026-03-27 | 14/700 |
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[考研] 296求調(diào)劑 +10 | 彼岸t 2026-03-29 | 10/500 |
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[考研] 375求調(diào)劑 +6 | 雨夏整夜 2026-03-29 | 6/300 |
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[考研] 321求調(diào)劑 +7 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 8/400 |
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[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
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[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
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[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7 | 閆旭東 2026-03-28 | 9/450 |
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[考研] 285求調(diào)劑 +4 | AZMK 2026-03-27 | 7/350 |
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[考研] 一志愿上海理工能源動(dòng)力（085800）310分求調(diào)劑 +3 | zhangmingc 2026-03-27 | 4/200 |
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[考研] 求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-27 | 4/200 |
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[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
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[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 錦衣衛(wèi)藤椒 2026-03-25 | 4/200 |
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