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秋電工新蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)各位來(lái)看棵樹
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近日學(xué)習(xí)用mega4.0建系統(tǒng)進(jìn)化樹，大概會(huì)操作了，但仍然有很多疑問。壇子里關(guān)于mega的帖子看了遍，迷茫發(fā)問的朋友多，解答的大牛人也有，我的問題和很多求助的蟲友相似，現(xiàn)系統(tǒng)提出，渴望知道的大俠盡早看到此貼，盡早給若干小蟲指點(diǎn)下迷津，不甚感激！ 一，附件中的小樹是用mega4.0，Bootsrap Value設(shè)置1000次建成。具體步驟如下： a、打開mega軟件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根據(jù)實(shí)際情況(DNA or 蛋白序列)選擇Yes b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）； c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat； d、打開上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute； e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—將Boostrap（500 replicates；seed=64238修改為1000 replicates）--compute---獲得進(jìn)化樹—設(shè)好格式---image –save as TIF file 問題來(lái)了，在壇子里看見各位大俠給出的步驟，要用Clustal X軟件進(jìn)行序列比對(duì)之后才能建樹，請(qǐng)問，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，為什么有大俠說(shuō)還要下載一個(gè)clustal軟件呢？上面的建樹步驟C是不是算經(jīng)過(guò)了clustal呢？ 二，附件中小樹節(jié)點(diǎn)處數(shù)值的含義，請(qǐng)各位解釋下為什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）與HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）兩類群聚一起后又97呢?是否意味著HX4和AB546196.1親緣關(guān)系很近，甚至是同一個(gè)東西，HX6和AJ308316.1關(guān)系較近，這兩類群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很費(fèi)解呀很費(fèi)解。 三，樹下的標(biāo)尺有什么用？去算枝長(zhǎng)嗎？枝長(zhǎng)又代表什么，進(jìn)化距離嗎？如果枝長(zhǎng)是進(jìn)化距離，那bootstrap值又代表什么？ 四，在壇子里逛的時(shí)候，看到有大俠說(shuō)“遺傳標(biāo)度法和步長(zhǎng)值法是用來(lái)表示兩種不同的結(jié)果時(shí)用的 步長(zhǎng)值常用在鑒定菌種的進(jìn)化樹中 而遺傳距離法常用在表示不同菌株間進(jìn)化關(guān)系的進(jìn)化樹中 ”。什么是遺傳標(biāo)度法，什么是步長(zhǎng)值法？本人建樹目的是想得到菌株間的進(jìn)化關(guān)系 五，看文獻(xiàn)過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)有部分文獻(xiàn)的進(jìn)化樹要么只有標(biāo)尺，要么只有bootstrap值，而且也沒有對(duì)數(shù)值，標(biāo)尺的含義做出解釋，究竟什么樣的樹才算規(guī)范？ 昨晚碼了一個(gè)求助貼，滿懷希望發(fā)的時(shí)候，系統(tǒng)維護(hù)，傷啊傷！今天抖擻一下，再次情緒飽滿的發(fā)一個(gè)，敬候各位的佳音哈！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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秋電工(金幣+6): 很感謝，解答了我大部分問題，但是方法中有些具體的操作我還是不會(huì)，希望能更詳盡 2011-04-18 11:08:26
scelab(金幣+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
秋電工(金幣+6): 很感謝，解答了我大部分問題，但是方法中有些具體的操作我還是不會(huì)，希望能更詳盡 2011-04-18 11:08:26
scelab(金幣+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
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1、clustalx 也是為了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了； 2、bootstrap值一般是將你的序列保留一部分，把剩下部分隨機(jī)打亂，拼成不同的序列，組成1000個(gè)你的alignment文件，做樹，顯示的77表明，1000次做樹的過(guò)程有有77%次，也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起這個(gè)結(jié)果； 3、下面的標(biāo)尺是枝長(zhǎng)，也是進(jìn)化距離，bootstrap值是可信度； 4、這個(gè)我水平有限，也比較迷惑，個(gè)人覺得你現(xiàn)在做成的樹適合的進(jìn)化研究； 5、一般是要有bootstrap值的，這個(gè)表示可信度，要是值低于50,一般別人是不認(rèn)同的，有的文章沒有標(biāo)尺，可能是只想得到樹的分枝情況，沒有想要計(jì)算各個(gè)物種的距離，只要得到的一個(gè)樹的拓?fù)浣Y(jié)果吧，但是bootstrap值一般是要的。 對(duì)了，你的alignment，排列好了之后，一般要將首尾序列截成一樣齊…… 只是個(gè)人意見，可能有偏差，有錯(cuò)誤歡迎指出。 |
3樓2011-04-18 10:52:28
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2樓2011-04-18 10:04:59
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5樓2011-04-18 11:26:51
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6樓2011-04-23 12:14:21
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rainwander(金幣+2): 鼓勵(lì)交流 2011-04-23 12:54:21
rainwander(金幣+2): 鼓勵(lì)交流 2011-04-23 12:54:21
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標(biāo)尺大小，不知道是軟件看你的序列默認(rèn)的還是可以設(shè)置，你可以去摸索下； 我覺得標(biāo)尺是為了直觀上看兩個(gè)物種的距離的吧，一般是聚在一個(gè)枝里面的，說(shuō)明它們相對(duì)比較接近，如果你想得到兩兩之間的距離的話，可以試試軟件里面的dist matrix…… 或者phylip軟件里面的dnadist，我覺得如果不是做進(jìn)化之類的分析的話，一個(gè)diversity distance 就可以吧，mage里面好像就有 |
7樓2011-04-23 12:20:49
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8樓2012-06-05 18:06:20
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9樓2012-06-05 22:16:52
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