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dingfengbo新蟲 (小有名氣)
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[求助]
encut測試是否需要修改要提交的作業(yè)腳本
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我想做encut測試這是我的encut腳本： #!/bin/sh rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done 測試的時(shí)候我想將之提交，下面是我的作業(yè)腳本： #!/bin/sh #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -u XX #PBS -N YY JOBINFOR=$PBS_JOBID MASTERNODE=`hostname` SCRATCHDIR=$PBS_JOBID NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` SERVER=$PBS_O_HOST WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR MKDIR=/bin/mkdir RSH=/usr/bin/rsh CP=/bin/cp cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts LAUNCH="mpirun --hostfile $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU" PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" ${RSH} ${MASTERNODE} cd ${WORKDIR} ${MKDIR} ${SCRATCHDIR} cd ${SCRATCHDIR} ${CP} ${WORKDIR}/* . ${LAUNCH} ${PROGRAMEXEC} > out 2>&1 請問我怎樣修改作業(yè)腳本才能進(jìn)行encut測試的計(jì)算呢？謝謝 |
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2樓2011-04-22 22:58:54
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【答案】應(yīng)助回帖
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bingmou(金幣+1, 1ST強(qiáng)帖+1): 感謝交流！ 2011-05-10 16:52:58
bingmou(金幣+1, 1ST強(qiáng)帖+1): 感謝交流！ 2011-05-10 16:52:58
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個(gè)人意見：PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp" 改為 PROGRAMEXEC='腳本位置”是不行的，最后一行其實(shí)就是一個(gè)運(yùn)行并行的vasp程序的指令。如果改成腳本位置，那運(yùn)行的程序也就是vasp都不能調(diào)用。只是樓主注意下變量PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp"設(shè)置在你的機(jī)器上是正確的就行。還有就是我覺得這個(gè)腳本寫得羅里羅嗦， 我整合個(gè)簡單點(diǎn)的 看著清楚的 供樓主參考下： #!/bin/bash #PBS -N 5-zmos2nrbig #PBS -j oe #PBS -q vasp #PBS -l walltime=9999:00:00 #PBS -l nodes=2:ppn=8 rm WAVECAR for a in 400 450 500 550 600 650 700 750 do cat >INCAR < SYSTEM=CGa LPLANE=.TRUE. NPAR=8 LREAL = .TRUE. PREC = Accurate EDIFF =1E-6 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 ISPIN = 1 NBANDS = 240 LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. NBLOCK = 1 NSW = 10 IBRION = 2 POTIM=0.3 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 ENCUT=$a ISTART=0;ICHARG=2 ! echo "ENCUT=$a eV" mpirun XXX(此處是mpi的設(shè)置參數(shù)，根據(jù)自己的機(jī)器設(shè)置） ./vasp > ./out（此處將vasp程序 vasp必須的文件和腳本放同一目錄，要嫌麻煩就在腳本里加幾個(gè)變量把路徑寫進(jìn)去） E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $a $E >>comment done |
5樓2011-05-10 11:04:26
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