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butterflyyh

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使用VASP的ENCUT測試腳本optencut.sh：
rm WAVECAR
for i in 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR < SYSTEM = bcc Fe
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"; time vasp
E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}')
echo $i $E >> comment
done
執(zhí)行后出錯(cuò)：syntax error: unexpected end of file
optencut.sh腳本是我按照VASP計(jì)算前的驗(yàn)證寫的，請問有沒有人知道出錯(cuò)原因？多謝

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nothingisimpossible

1樓 2011-08-13 22:05:50

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youzhizhe

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引用回帖:

1樓: Originally posted by butterflyyh at 2011-08-13 22:05:50:
使用VASP的ENCUT測試腳本optencut.sh：
rm WAVECAR
for i in 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = bcc Fe
ENCUT = $i
...

問題出在最后兩句上修改結(jié)果如下
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $E >> comment

應(yīng)該就沒有問題了。

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11樓2011-08-19 16:36:47

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leehb870605

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
butterflyyh(金幣+15): 2011-08-17 18:01:40
youzhizhe(金幣+3): 謝謝交流。 2011-08-17 19:56:40

1，腳本第一行的
#!/bin/sh
這句話不知道你寫了沒有，

2，如果你是在WINDOWS環(huán)境下的寫的腳本，然后再在LINUX環(huán)境下運(yùn)行，可能就會(huì)出如下問題，下面是我轉(zhuǎn)的

Shell 尷尬一: syntax error:unexpected end of file
2010-05-23 21:20
在windows下寫好了Shell 但是在linux下用
>> sh -n [filesName] 檢查語法總是出一個(gè)錯(cuò)誤 syntax error:unexpected end of file
原因如下:
dos文件傳輸?shù)絬nix系統(tǒng)時(shí),會(huì)在每行的結(jié)尾多一個(gè)^M,在vi的時(shí)候,當(dāng)你用如下命令：
>>vi dos.txt
>>:set fileformat=unix
>>:w
就會(huì)看到這些存在于每行結(jié)尾的^M符號(hào)，這個(gè)就是產(chǎn)生syntax error:unexpected end of file的原因
解決方案：
在vi下把這些^M都刪除后, 搞定！

3，E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}') 這一句在我那里曾經(jīng)出過問題，我把它更改過，再每次循環(huán)時(shí)ECHO一個(gè)總能，只是沒有這句話后面那些控制輸出格式的東西罷了，也可以嘗試把這句刪掉再試試（個(gè)人意見）

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2樓2011-08-16 14:57:44

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butterflyyh

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★ ★
youzhizhe: 建議你采用“引用回復(fù)”。 2011-08-17 19:57:07
mazuju028(金幣+2): 謝謝交流 2011-08-19 08:26:07

1. 第一行的#!/bin/sh加了；

2.是在LINUX下直接編寫的，沒有每行結(jié)尾的^M符號(hào)現(xiàn)象；

3.不知道你有沒遇到VASP沒運(yùn)算完就讀取i 循環(huán)的現(xiàn)象？

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nothingisimpossible

3樓2011-08-17 18:04:49

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youzhizhe(金幣+1): 謝謝提示。 2011-08-18 18:00:46

引用回帖:

3樓: Originally posted by butterflyyh at 2011-08-17 18:04:49:
1. 第一行的#!/bin/sh加了；

2.是在LINUX下直接編寫的，沒有每行結(jié)尾的^M符號(hào)現(xiàn)象；

3.不知道你有沒遇到VASP沒運(yùn)算完就讀取i 循環(huán)的現(xiàn)象？

如果是運(yùn)行這個(gè)腳本的話，應(yīng)該沒有出現(xiàn)3的現(xiàn)象，我是沒有遇見過

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4樓2011-08-17 22:39:29

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引用回帖:

4樓: Originally posted by w76990480 at 2011-08-17 22:39:29:
如果是運(yùn)行這個(gè)腳本的話，應(yīng)該沒有出現(xiàn)3的現(xiàn)象，我是沒有遇見過

您好請教一下我在運(yùn)行這個(gè)腳本的時(shí)候就出現(xiàn)了3中所述的情況
time vasp這句我覺得值得商榷因?yàn)槲沂窃诔闵纤愕?
我把time vasp 這句改成了超算上提交任務(wù)的命令
結(jié)果運(yùn)行發(fā)現(xiàn) 執(zhí)行上述命令后任務(wù)進(jìn)入了排隊(duì)狀態(tài) 但腳本還是繼續(xù)執(zhí)行結(jié)果就出現(xiàn)了3的情況
不知道您有沒有辦法解決這個(gè)問題謝謝

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5樓2011-08-18 20:31:21

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youzhizhe(金幣+1): 謝謝交流。 2011-08-19 16:33:41

引用回帖:

5樓: Originally posted by Tea_Candy at 2011-08-18 20:31:21:
您好請教一下我在運(yùn)行這個(gè)腳本的時(shí)候就出現(xiàn)了3中所述的情況
time vasp這句我覺得值得商榷因?yàn)槲沂窃诔闵纤愕?
我把time vasp 這句改成了超算上提交任務(wù)的命令
結(jié)果運(yùn)行發(fā)現(xiàn) 執(zhí)行上述命令后任務(wù)進(jìn)入了排 ...

我沒有加time vasp這句

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6樓2011-08-18 21:30:07

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6樓: Originally posted by w76990480 at 2011-08-18 21:30:07:
我沒有加time vasp這句

不加這句？？那怎么執(zhí)行計(jì)算的任務(wù)呢？

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7樓2011-08-18 23:00:42

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7樓: Originally posted by Tea_Candy at 2011-08-18 23:00:42:
不加這句？？那怎么執(zhí)行計(jì)算的任務(wù)呢？

你不加試一下，我也不知道這個(gè)time vasp是什么意思

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8樓2011-08-18 23:04:33

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8樓: Originally posted by w76990480 at 2011-08-18 23:04:33:
你不加試一下，我也不知道這個(gè)time vasp是什么意思

我試過了這樣不能執(zhí)行計(jì)算任務(wù)。。。
能把您的計(jì)算腳本貼出來看看嗎

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9樓2011-08-18 23:14:12

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我也是吧time vasp換成提交任務(wù)的命令，出現(xiàn)3的情況。現(xiàn)在還沒攻克問題。。。謝謝

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nothingisimpossible

10樓2011-08-19 09:30:33

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