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關(guān)于數(shù)據(jù)的格式
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看到文獻(xiàn)上介紹 “GSE8988” (在 NCBI 里下載的 ) 這個(gè) gene 表達(dá)數(shù)據(jù)文件里，是 1269 個(gè)gene 在 18 個(gè)time-point 的采樣數(shù)據(jù)，我下載 GSE8988 并用 Bioconductor 歸一化處理后，數(shù)據(jù)格式的形式見下圖。第一個(gè)問題是 諸如 探針 ID “1367452_at” 這樣的編號(hào)和基因是怎么對(duì)應(yīng)的？ “1367****_at” 這樣的編號(hào)有五千多個(gè)，基因個(gè)數(shù)是1269個(gè)？ 發(fā)現(xiàn)有的基因?qū)?yīng)一個(gè)編號(hào)，有的基因?qū)?yīng)數(shù)個(gè) 探針 ID編號(hào), 這里面的有規(guī)律嗎？ 第二個(gè)問題： 第一行的編號(hào) “GSM2273** .cel” 應(yīng)該是和 采樣時(shí)間點(diǎn) 對(duì)應(yīng)的吧？ 怎么看出這種對(duì)應(yīng)關(guān)系？ 我看了有關(guān)這個(gè)文件的相關(guān)說明 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988 ），沒找到和以上兩個(gè)問題相關(guān)的介紹，困惑，請(qǐng)熟悉的蟲友指教，先行謝過。 [ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ] |
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mumianke
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yanruoke(金幣+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金幣+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
yanruoke(金幣+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金幣+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
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1. 探針 ID “1367452_at” 這樣的編號(hào)和基因是怎么對(duì)應(yīng)的？ 這個(gè)芯片平臺(tái)是Affymetrix的，你可參照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有對(duì)應(yīng)信息，或者到http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx注冊(cè)個(gè)用戶，里面有詳細(xì)的信息。 有的基因?qū)?yīng)一個(gè)編號(hào)，有的基因?qū)?yīng)數(shù)個(gè)探針 ID編號(hào),因?yàn)橛械幕蛟谵D(zhuǎn)錄是有可變剪切，在分析時(shí)可不用考慮，先基于探針分析，最后再注釋到基因。 2. 相關(guān)說明你沒有看完整吧。在Samples (54)這個(gè)地方有每個(gè)樣本對(duì)應(yīng)的時(shí)間點(diǎn)及說明。每個(gè)GSM里都有詳細(xì)說明�；蛘咴谙旅娴� Download family Format SOFT formatted family file(s) SOFT MINiML formatted family file(s) MINiML Series Matrix File(s) TXT 你可以下載Series Matrix File(s) 查看其對(duì)應(yīng)關(guān)系。 |
2樓2011-04-27 09:58:18
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mumianke，你好，順便問下，每個(gè)sample 里給出了對(duì)應(yīng)的時(shí)間點(diǎn)，由于每個(gè)時(shí)間點(diǎn)有三個(gè)老鼠的基因用來采樣，因此對(duì)于某一時(shí)間點(diǎn)的三個(gè) sample 來說，知道哪個(gè)sample 是和哪個(gè) 老鼠對(duì)應(yīng) 重要嗎？還是認(rèn)為這三個(gè) sample 只是重復(fù)采樣，并不重要？ 或者這樣說： 我找出了18個(gè) sample (從初始時(shí)刻到結(jié)束時(shí)刻，每時(shí)間點(diǎn)一個(gè)sample), 分析時(shí)應(yīng)該確保這18 個(gè)sample 來自同一個(gè)老鼠嗎？ 先行謝過。 |
3樓2011-04-27 10:56:06
mumianke
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4樓2011-04-27 16:11:26
5樓2011-04-28 10:56:22
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4538555 感覺您懂很多，我是新手，麻煩您解答一下我這個(gè)帖子，萬分感謝，必有重謝 |
6樓2012-05-21 21:58:55
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