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關(guān)于數(shù)據(jù)的格式
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看到文獻(xiàn)上介紹 “GSE8988” (在 NCBI 里下載的 ) 這個 gene 表達(dá)數(shù)據(jù)文件里，是 1269 個gene 在 18 個time-point 的采樣數(shù)據(jù)，我下載 GSE8988 并用 Bioconductor 歸一化處理后，數(shù)據(jù)格式的形式見下圖。第一個問題是 諸如 探針 ID “1367452_at” 這樣的編號和基因是怎么對應(yīng)的？ “1367****_at” 這樣的編號有五千多個，基因個數(shù)是1269個？ 發(fā)現(xiàn)有的基因?qū)?yīng)一個編號，有的基因?qū)?yīng)數(shù)個 探針 ID編號, 這里面的有規(guī)律嗎？ 第二個問題： 第一行的編號 “GSM2273** .cel” 應(yīng)該是和 采樣時間點(diǎn) 對應(yīng)的吧？ 怎么看出這種對應(yīng)關(guān)系？ 我看了有關(guān)這個文件的相關(guān)說明 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... acc.cgi?acc=GSE8988 ），沒找到和以上兩個問題相關(guān)的介紹，困惑，請熟悉的蟲友指教，先行謝過。 [ Last edited by yanruoke on 2011-4-26 at 19:27 ] |
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3樓2011-04-27 10:56:06
mumianke
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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yanruoke(金幣+15): thanks a lot 2011-04-27 10:44:19
dhd997(金幣+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
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dhd997(金幣+5, EPI+1): good 2011-04-27 16:58:57
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1. 探針 ID “1367452_at” 這樣的編號和基因是怎么對應(yīng)的？ 這個芯片平臺是Affymetrix的，你可參照http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL341，有對應(yīng)信息，或者到http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx注冊個用戶，里面有詳細(xì)的信息。 有的基因?qū)?yīng)一個編號，有的基因?qū)?yīng)數(shù)個探針 ID編號,因?yàn)橛械幕蛟谵D(zhuǎn)錄是有可變剪切，在分析時可不用考慮，先基于探針分析，最后再注釋到基因。 2. 相關(guān)說明你沒有看完整吧。在Samples (54)這個地方有每個樣本對應(yīng)的時間點(diǎn)及說明。每個GSM里都有詳細(xì)說明�；蛘咴谙旅娴� Download family Format SOFT formatted family file(s) SOFT MINiML formatted family file(s) MINiML Series Matrix File(s) TXT 你可以下載Series Matrix File(s) 查看其對應(yīng)關(guān)系。 |
2樓2011-04-27 09:58:18
mumianke
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4樓2011-04-27 16:11:26
5樓2011-04-28 10:56:22
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