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capchaline

木蟲 (正式寫手)

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[求助] 請(qǐng)教如何在blast中完成這么個(gè)任務(wù)，或者其他數(shù)據(jù)庫？

agg tga agg aat atg tct cca a PHD finger protein 20
agg tga aga tat att cct cca a PTEN

請(qǐng)教大家，如上面序列所示，我這里有一段PTEN的序列需要序列比對(duì)查找出，相同長度內(nèi)序列相差4或者5nt的基因序列，比如PHD finger 20這種序列。

但是NCBI的blast里的序列比對(duì)怎么都是連續(xù)的呢，我需要總長度不變，22nt長度的序列里和目的序列有17nt以上相同的其他序列，怎么搜索呢？

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1樓 2011-04-26 21:28:22

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keeperw

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【答案】應(yīng)助回帖

capchaline(金幣+1): 排名靠前靠后的都不能滿足我的要求啊~ 2011-05-02 11:09:12

引用回帖:

Originally posted by capchaline at 2011-04-26 21:28:22:
agg tga agg aat atg tct cca a PHD finger protein 20
agg tga aga tat att cct cca a PTEN

請(qǐng)教大家，如上面序列所示，我這里有一段PTEN的序列需要序列比對(duì)查找出，相同長度內(nèi)序列相差4或者5nt的基因序列 ...

排名靠前的，呵呵

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回復(fù)此樓

2樓2011-04-28 16:03:47

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