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Gaussian計算的隨機性 已有8人參與
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同一個版本Gaussian軟件，在三臺不同的服務器上進行優(yōu)化計算，同一個輸入文件，前27步的能量完全一樣，從28步后能量就開始不一樣了，難道Gaussian計算也有隨機性，請教各位高手是否也遇到類似的問題。 20 -2679.23298795 -2679.23298795 -2679.23298795 21 -2679.23319064 -2679.23319065 -2679.23319065 22 -2679.23339199 -2679.23339199 -2679.23339199 23 -2679.23355888 -2679.23355888 -2679.23355889 24 -2679.23367177 -2679.23367177 -2679.23367177 25 -2679.23374824 -2679.23374824 -2679.23374825 26 -2679.23381226 -2679.23381226 -2679.23381226 27 -2679.23384277 -2679.23384277 -2679.23384277 28 -2679.23388423 -2679.23388425 -2679.23388425 29 -2679.23390839 -2679.23390840 -2679.23390840 30 -2679.23399369 -2679.23399347 -2679.23399351 31 -2679.23397296 -2679.23417440 -2679.23413908 32 -2679.23400632 -2679.23419135 -2679.23414835 33 -2679.23413415 -2679.23422701 -2679.23419652 |
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4樓2011-05-05 18:13:48
hairan
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
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375642546(金幣+3): 給力！ 2011-05-06 09:00:36
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375642546(金幣+3): 給力！ 2011-05-06 09:00:36
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我的感覺是類似蝴蝶效應，就是在某一步計算出現(xiàn)了一個看似微不足道的差別，但這種差別不斷累積下來最后導致了能量的不盡一致。 不過樓主如果能繼續(xù)優(yōu)化完，可能最終的優(yōu)化結(jié)構(gòu)和總能量也不會有太大差別。 我加的那個關鍵詞是讓計算積分時的誤差盡量小，看看能不能通過減小一點這方面的誤差來保持能量的相同。 另外，總能量的差別還不到0.0001 a.u.，不算很大的差別吧？ [ Last edited by hairan on 2011-5-5 at 18:26 ] |
5樓2011-05-05 18:25:23
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6樓2011-05-05 19:44:29
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gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-05 20:16:30
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-05 20:16:30
| 謝謝以上各位的講解，事實上，在一臺服務器上能夠優(yōu)化出最終的結(jié)構(gòu)，需要130步，盡管有一個虛頻。但在另一臺服務器上，優(yōu)化到41步就停止了，結(jié)果出現(xiàn)很多的NaN等錯誤的信息，最后是Problem with the distance matrix.就停止優(yōu)化了。這才引起我的注意。我用的Gaussian版本是G03 E.01，以前沒有注意過這種情況。只是想測試一下幾臺服務器的運行速度，才發(fā)現(xiàn)這種情況，感覺不應該出現(xiàn)。 |
7樓2011-05-05 20:12:44
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可能的原因非常多。例如根據(jù)內(nèi)存大小的不同自動使用不同積分儲存方式（在寫入/讀取時引入數(shù)值差異），并行計算時數(shù)據(jù)累積運算順序存在的一定隨機性等等。實際上前27步也并非相同，只是在有限的數(shù)值輸出精度中沒顯示出來罷了，隨著累積運算的進行差異被逐漸放大到可感知的地步。 有興趣的話建議你看看J Comput Aided Mol Des (2008) 22:39–51。雖然是討論數(shù)值誤差對分子力學優(yōu)化影響的，但對理解這個問題也有益。 |
8樓2011-05-05 23:20:31
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