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200699wang新蟲 (正式寫手)
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[求助]
SMD中恒速牽拉和恒力牽拉有什么區(qū)別和聯(lián)系?
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| SMD中恒速牽拉和恒力牽拉有什么區(qū)別和聯(lián)系?初學(xué)NAMD,很多都不太懂,還望高手,多多指教,先謝謝啦! |
銀蟲 (初入文壇)
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進(jìn)行恒速牽拉時(shí),我們需要首先設(shè)定一個(gè)假想的原子作為施力原子,這個(gè)實(shí)際并不存在的原子就叫做假原子(dummy atom)。假原子通過一根假想的彈簧與系統(tǒng)中真實(shí)存在的某個(gè)原子(稱為SMD原子)相連,牽拉時(shí),假原子以恒定的速度運(yùn)動(dòng),因此稱這種牽拉方式為恒速牽拉。實(shí)際上被牽拉原子(SMD原子)的速度不是恒定的。SMD原子所受拉力由彈簧的形變和彈性系數(shù)決定 :恒力牽拉。我們?nèi)孕枰潭ㄒ粋(gè)原子并指定另一個(gè)原子被牽拉,但是拉力是恒定的,直接作用于SMD原子上。因此不需要指定假原子以及假想彈簧的彈性系數(shù) |

新蟲 (正式寫手)
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