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【gchcaj個(gè)人文集】淺談Orca計(jì)算BSSE校正
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今天看到lihb734兄寫了個(gè)關(guān)于BSSE校正的帖子，頗有啟發(fā)，所以我也來寫一個(gè)關(guān)于使用Orca校正BSSE的，大家看到的Gaussian的BSSE校正比較多，可以說，Gaussian在計(jì)算BSSE的input文件上比較方便，給出兩個(gè)分子的坐標(biāo)以及Counterpoise的關(guān)鍵詞即可，上手容易，但是細(xì)究中間的原理過程，我個(gè)人orca在這里好些，廢話不多說，先貼出BSSE的定義是，這個(gè)是Boys和Bernardi二位搞出來的，如公式1： 初看起來比較復(fù)雜，其實(shí)不難，表達(dá)式中的下表表示計(jì)算的片段，AB表示二聚體，A或B表示單聚體；上標(biāo)表示分子所處的優(yōu)化幾何坐標(biāo)，AB表示處于二聚體的優(yōu)化幾何坐標(biāo)，A或B表示單聚體優(yōu)化幾何坐標(biāo)；括號(hào)里表示使用的基組。這樣就可以把這個(gè)分成七項(xiàng)四個(gè)大項(xiàng)，第一項(xiàng)是二聚體的能量，第二項(xiàng)是兩個(gè)單聚體能量之和，第三項(xiàng)是處于二聚體優(yōu)化幾何坐標(biāo)下的使用單聚體部分的基組計(jì)算兩個(gè)單聚體的能量之和，第四項(xiàng)是處于二聚體優(yōu)化幾何坐標(biāo)下的使用二聚體部分的基組計(jì)算兩個(gè)單聚體的能量之和。所以公式2可以改寫為： 這里dimer表示二聚體，monomer2表示原公式的第四項(xiàng)，monomer1表示原公式的第三項(xiàng)，monomer0表示原公式的第二項(xiàng)。如果只計(jì)算前三項(xiàng)，就是被校正后的能量。 現(xiàn)在用一個(gè)例子來說明下，也是兩個(gè)水分子的作用，在Orca手冊91-93頁： Orca的常規(guī)語法這里不再解釋，只是介紹下輸入文件中的冒號(hào)作用，這個(gè)冒號(hào)是專門為這個(gè)BSSE計(jì)算考慮的，把冒號(hào)跟在原子后面，該原子的電子和核電荷均被刪除，但是保留原子以被分配基組。 這個(gè)任務(wù)其實(shí)是通過建立多個(gè)任務(wù)，再用關(guān)鍵詞%id將每大項(xiàng)的兩個(gè)結(jié)果能量聯(lián)系起來，部分輸出文件如下： Monomer : -152.647062118 Eh Dimer : -152.655623625 Eh -5.372 kcal/mol Monomer at dimer geometry: -152.647006948 Eh 0.035 kcal/mol Same with AB Basis set : -152.648364970 Eh -0.818 kcal/mol 按照公式2，這時(shí)候就不難計(jì)算了，ΔE=-152.655623625 -(-152.648364970+152.647006948) +152.647062118=-0.007203485 Eh 計(jì)算到了這里，應(yīng)該說Orca不如Gaussian那么智能，因?yàn)镚aussian一個(gè)關(guān)鍵詞，Orca要寫這么多，但是做計(jì)算的經(jīng)驗(yàn)告訴我，越是書寫麻煩，說明自定義的空間就越大，這里就體現(xiàn)如果我們要做一個(gè)Scan的話，Orca不用一個(gè)點(diǎn)一個(gè)點(diǎn)的計(jì)算，而且可以將BSSE校正中的每項(xiàng)拆開，分別做Scan或者SP，最后通過公式進(jìn)行處理即可。這點(diǎn)Gaussian我好像發(fā)現(xiàn)不行，因?yàn)镚aussian的Counterpoise包含了太多的東西，中間的東西無法單獨(dú)調(diào)用（本人用Gaussian較少，如果說錯(cuò)了，請(qǐng)指出，不過別罵娘就好）。這樣在計(jì)算時(shí)方便些（個(gè)人感覺） 我也來個(gè)免責(zé)聲明： 本人主業(yè)是Monte Carlo，對(duì)于QC是外行，所以這個(gè)基本是本人的一家之言，如果有問題請(qǐng)指出，不承擔(dān)任何學(xué)術(shù)上的責(zé)任。 [ Last edited by 375642546 on 2011-5-6 at 17:25 ] |
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5樓2011-05-09 10:34:46
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