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我在2006-2007年間，寫了幾篇東西： 《化學(xué)信息學(xué)與生物信息學(xué)開放性比較》 《化學(xué)信息學(xué)開源軟件的集成與復(fù)用》 《化學(xué)信息學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)研究的開放性》 《化學(xué)信息學(xué)與開源軟件》 最近又剛剛完成了《化學(xué)信息系統(tǒng)開發(fā)技術(shù)》一書的寫作，目前正在出版社審校。 在總結(jié)的過程中，我體會到了兩個前人總結(jié)過的兩條規(guī)律： （1）工具的重要性： 例如，對于研究基因、蛋白質(zhì)序列來說，Perl語言實在是太重要了。如果對生物學(xué)不熟悉，那么，就再說一個化學(xué)方面的例子：NMR和MS對有機合成來說，太重要了。沒有這兩種儀器，有機合成純粹就是瞎子摸石頭。 對于量子化學(xué)來說，軟件很重要。 （2）工具的發(fā)展： 到現(xiàn)在，我仍然記得，作為化學(xué)的研究生，與計算機的本科生一起坐在教室里，認真學(xué)習(xí)Turbo Pascal的情形，那是1989年。從那以后，我就再沒有以坐在教室聽課的方式來學(xué)習(xí)計算機語言。更有意思的是，剛剛學(xué)完這門課，Turbo C就以排山倒海之勢席卷尚不成熟的編程小世界。到現(xiàn)在為止，那種藍底白字的界面，仍是我回憶C語言Libc庫函數(shù)用法時，首現(xiàn)浮現(xiàn)的背景。 但是，當(dāng)我面臨一個算法，要在三種不同的系統(tǒng)（Windows, IRIX, Solaris）上運行的任務(wù)時，我不僅要把界面和算法分離，而且，由于這三者連處理文件目錄方式都不同，因此，連生成臨時文件、刪除臨時文件這類操作，都要分別伺候。 因此，現(xiàn)階段，開發(fā)一個程序，1%的時間用于算法，3%的時間圍繞算法寫框架，1%的時間搞界面，95%的時間則是調(diào)試。 然而，對于面向?qū)I(yè)的編程而言（例如量子化學(xué)軟件的開發(fā)），很大程度上，取決于程序員的知識結(jié)構(gòu)，或者生存狀態(tài)。 （1）導(dǎo)師說個思路，要研究生編程：90% （2）研究生有個想法，要自己編程：9% （3）導(dǎo)師有個想法，要自己編程：1% 這當(dāng)中沒有誰，是認真學(xué)習(xí)過編程（代碼控制、框架設(shè)計等），而只是拿來主義的實踐者。那么，在他們的實踐中，基本上都是原始的、感性的。像作家那樣，有的人換了不同的紙張，就寫不出來文章。不理解的人，就說“拉不出屎來怨茅房”。 因為自己首先學(xué)習(xí)了C語言，有什么問題，都想用C來解決； 因為自己首先學(xué)習(xí)了Fortan語言，有什么問題，都想用Fortran來解決； 因為自己首先學(xué)習(xí)了C++語言，有什么問題，都想用C++來解決。 其實，這根本不是問題。問題的核心，在于你是不是像在墜落的電梯里那樣，急于抓起一個東西解決問題，而不在意那件東西是什么。如果是這樣的話，你肯定沒有認真雕琢過你的代碼，而且認為這不是你該做的事情。既然如此，那么抓住的是別人的頭發(fā)，還是鞋帶，又有什么區(qū)別呢？你只要記住，抓住自己的頭發(fā)是不管用的，那就好了。 換一種直接的說法：你究竟是想當(dāng)科學(xué)家，還是想當(dāng)程序開發(fā)者？這兩種角色，要在短短的二、三年內(nèi)實現(xiàn)“合體”，是不可能的。 作家陳染寫到：人們的“偏執(zhí)”會表現(xiàn)在對于往昔喜愛過的人或物專心致志的懷念上。但是，世界在變，貌似始終如一的自己其實也在變化----多年以后，當(dāng)與被懷念者再次相遇時，我們竟悲哀地發(fā)現(xiàn)，他出現(xiàn)的那一刻，竟成為在我們心目中消逝的一刻。 陳染的描述，用了“多年以后”。其實，我倒是覺得，我們沒怎么變。一心想當(dāng)科學(xué)家的，不屑于開發(fā)軟件，而開發(fā)軟件的，則......。如果有人能創(chuàng)造一種量子化學(xué)語言，像信號處理中的MatLab那樣，或許關(guān)于編程語言的感嘆，就會像浮云那樣，只不過是遮住冷日殘虹的過眼之物而已。 再啰嗦一句：踏踏實實地開發(fā)一套函數(shù)，C的也好，F(xiàn)ortran也好，算是中國量子化學(xué)研究者的貢獻吧。名字我都想好了，就叫ChinaQ。呵呵。 就像這篇帖子一樣，兩條線路糾纏在一起，闡述得很雜亂。關(guān)于Fortran/C與量化，也是這樣。 [ Last edited by yyqiao on 2011-5-10 at 06:15 ] |
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2樓2011-05-10 08:56:49
coolrainbow
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3樓2011-05-10 10:35:25
4樓2011-05-10 18:24:23
小紅豆
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5樓2011-05-10 21:03:01
冬天里的驕陽
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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6樓2011-05-10 22:23:33
calfwoo
金蟲 (小有名氣)
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7樓2011-12-14 16:58:56
★
小木蟲(金幣+0.5): 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲(金幣+0.5): 給個紅包，謝謝回帖
以前只是想著上個好大學(xué)的二流專業(yè)，混個研究生文憑就可以了。可是事實證明想要這樣投機取巧的后果是比較慘的。第一年報考的應(yīng)用化學(xué)專業(yè)選考的有機結(jié)果是76分，無緣復(fù)試。今年是第二次考了，又是在有機上摔跤了。選擇調(diào)劑到化學(xué)工程了。有時候想想真是的，不是說這個社會跟你開玩笑了，而是自己跟自己開了個玩笑。從小事做起，認真做好每件事還是比較好。謝謝喬老師了，讓我有機會可以從新認識一下南開大學(xué)的應(yīng)用化學(xué)專業(yè)。謝謝了 |
8樓2012-03-14 12:09:25
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