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我在2006-2007年間,寫了幾篇東西: 《化學(xué)信息學(xué)與生物信息學(xué)開放性比較》 《化學(xué)信息學(xué)開源軟件的集成與復(fù)用》 《化學(xué)信息學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)研究的開放性》 《化學(xué)信息學(xué)與開源軟件》 最近又剛剛完成了《化學(xué)信息系統(tǒng)開發(fā)技術(shù)》一書的寫作,目前正在出版社審校。 在總結(jié)的過程中,我體會到了兩個前人總結(jié)過的兩條規(guī)律: (1)工具的重要性: 例如,對于研究基因、蛋白質(zhì)序列來說,Perl語言實在是太重要了。如果對生物學(xué)不熟悉,那么,就再說一個化學(xué)方面的例子:NMR和MS對有機合成來說,太重要了。沒有這兩種儀器,有機合成純粹就是瞎子摸石頭。 對于量子化學(xué)來說,軟件很重要。 (2)工具的發(fā)展: 到現(xiàn)在,我仍然記得,作為化學(xué)的研究生,與計算機的本科生一起坐在教室里,認真學(xué)習(xí)Turbo Pascal的情形,那是1989年。從那以后,我就再沒有以坐在教室聽課的方式來學(xué)習(xí)計算機語言。更有意思的是,剛剛學(xué)完這門課,Turbo C就以排山倒海之勢席卷尚不成熟的編程小世界。到現(xiàn)在為止,那種藍底白字的界面,仍是我回憶C語言Libc庫函數(shù)用法時,首現(xiàn)浮現(xiàn)的背景。 但是,當(dāng)我面臨一個算法,要在三種不同的系統(tǒng)(Windows, IRIX, Solaris)上運行的任務(wù)時,我不僅要把界面和算法分離,而且,由于這三者連處理文件目錄方式都不同,因此,連生成臨時文件、刪除臨時文件這類操作,都要分別伺候。 因此,現(xiàn)階段,開發(fā)一個程序,1%的時間用于算法,3%的時間圍繞算法寫框架,1%的時間搞界面,95%的時間則是調(diào)試。 然而,對于面向?qū)I(yè)的編程而言(例如量子化學(xué)軟件的開發(fā)),很大程度上,取決于程序員的知識結(jié)構(gòu),或者生存狀態(tài)。 (1)導(dǎo)師說個思路,要研究生編程:90% (2)研究生有個想法,要自己編程:9% (3)導(dǎo)師有個想法,要自己編程:1% 這當(dāng)中沒有誰,是認真學(xué)習(xí)過編程(代碼控制、框架設(shè)計等),而只是拿來主義的實踐者。那么,在他們的實踐中,基本上都是原始的、感性的。像作家那樣,有的人換了不同的紙張,就寫不出來文章。不理解的人,就說“拉不出屎來怨茅房”。 因為自己首先學(xué)習(xí)了C語言,有什么問題,都想用C來解決; 因為自己首先學(xué)習(xí)了Fortan語言,有什么問題,都想用Fortran來解決; 因為自己首先學(xué)習(xí)了C++語言,有什么問題,都想用C++來解決。 其實,這根本不是問題。問題的核心,在于你是不是像在墜落的電梯里那樣,急于抓起一個東西解決問題,而不在意那件東西是什么。如果是這樣的話,你肯定沒有認真雕琢過你的代碼,而且認為這不是你該做的事情。既然如此,那么抓住的是別人的頭發(fā),還是鞋帶,又有什么區(qū)別呢?你只要記住,抓住自己的頭發(fā)是不管用的,那就好了。 換一種直接的說法:你究竟是想當(dāng)科學(xué)家,還是想當(dāng)程序開發(fā)者?這兩種角色,要在短短的二、三年內(nèi)實現(xiàn)“合體”,是不可能的。 作家陳染寫到:人們的“偏執(zhí)”會表現(xiàn)在對于往昔喜愛過的人或物專心致志的懷念上。但是,世界在變,貌似始終如一的自己其實也在變化----多年以后,當(dāng)與被懷念者再次相遇時,我們竟悲哀地發(fā)現(xiàn),他出現(xiàn)的那一刻,竟成為在我們心目中消逝的一刻。 陳染的描述,用了“多年以后”。其實,我倒是覺得,我們沒怎么變。一心想當(dāng)科學(xué)家的,不屑于開發(fā)軟件,而開發(fā)軟件的,則......。如果有人能創(chuàng)造一種量子化學(xué)語言,像信號處理中的MatLab那樣,或許關(guān)于編程語言的感嘆,就會像浮云那樣,只不過是遮住冷日殘虹的過眼之物而已。 再啰嗦一句:踏踏實實地開發(fā)一套函數(shù),C的也好,F(xiàn)ortran也好,算是中國量子化學(xué)研究者的貢獻吧。名字我都想好了,就叫ChinaQ。呵呵。 就像這篇帖子一樣,兩條線路糾纏在一起,闡述得很雜亂。關(guān)于Fortran/C與量化,也是這樣。 [ Last edited by yyqiao on 2011-5-10 at 06:15 ] |


木蟲 (著名寫手)
未來國家凍涼


主管區(qū)長 (知名作家)
鐵桿木蟲 (正式寫手)
金蟲 (小有名氣)
以前只是想著上個好大學(xué)的二流專業(yè),混個研究生文憑就可以了。可是事實證明想要這樣投機取巧的后果是比較慘的。第一年報考的應(yīng)用化學(xué)專業(yè)選考的有機結(jié)果是76分,無緣復(fù)試。今年是第二次考了,又是在有機上摔跤了。選擇調(diào)劑到化學(xué)工程了。有時候想想真是的,不是說這個社會跟你開玩笑了,而是自己跟自己開了個玩笑。從小事做起,認真做好每件事還是比較好。謝謝喬老師了,讓我有機會可以從新認識一下南開大學(xué)的應(yīng)用化學(xué)專業(yè)。謝謝了 |
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