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yyqiao金蟲 (小有名氣)
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我在2006-2007年間，寫了幾篇東西： 《化學(xué)信息學(xué)與生物信息學(xué)開放性比較》 《化學(xué)信息學(xué)開源軟件的集成與復(fù)用》 《化學(xué)信息學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)研究的開放性》 《化學(xué)信息學(xué)與開源軟件》 最近又剛剛完成了《化學(xué)信息系統(tǒng)開發(fā)技術(shù)》一書的寫作，目前正在出版社審校。 在總結(jié)的過程中，我體會(huì)到了兩個(gè)前人總結(jié)過的兩條規(guī)律： （1）工具的重要性： 例如，對(duì)于研究基因、蛋白質(zhì)序列來說，Perl語言實(shí)在是太重要了。如果對(duì)生物學(xué)不熟悉，那么，就再說一個(gè)化學(xué)方面的例子：NMR和MS對(duì)有機(jī)合成來說，太重要了。沒有這兩種儀器，有機(jī)合成純粹就是瞎子摸石頭。 對(duì)于量子化學(xué)來說，軟件很重要。 （2）工具的發(fā)展： 到現(xiàn)在，我仍然記得，作為化學(xué)的研究生，與計(jì)算機(jī)的本科生一起坐在教室里，認(rèn)真學(xué)習(xí)Turbo Pascal的情形，那是1989年。從那以后，我就再?zèng)]有以坐在教室聽課的方式來學(xué)習(xí)計(jì)算機(jī)語言。更有意思的是，剛剛學(xué)完這門課，Turbo C就以排山倒海之勢(shì)席卷尚不成熟的編程小世界。到現(xiàn)在為止，那種藍(lán)底白字的界面，仍是我回憶C語言Libc庫函數(shù)用法時(shí)，首現(xiàn)浮現(xiàn)的背景。 但是，當(dāng)我面臨一個(gè)算法，要在三種不同的系統(tǒng)（Windows, IRIX, Solaris）上運(yùn)行的任務(wù)時(shí)，我不僅要把界面和算法分離，而且，由于這三者連處理文件目錄方式都不同，因此，連生成臨時(shí)文件、刪除臨時(shí)文件這類操作，都要分別伺候。 因此，現(xiàn)階段，開發(fā)一個(gè)程序，1%的時(shí)間用于算法，3%的時(shí)間圍繞算法寫框架，1%的時(shí)間搞界面，95%的時(shí)間則是調(diào)試。 然而，對(duì)于面向?qū)I(yè)的編程而言（例如量子化學(xué)軟件的開發(fā)），很大程度上，取決于程序員的知識(shí)結(jié)構(gòu)，或者生存狀態(tài)。 （1）導(dǎo)師說個(gè)思路，要研究生編程：90% （2）研究生有個(gè)想法，要自己編程：9% （3）導(dǎo)師有個(gè)想法，要自己編程：1% 這當(dāng)中沒有誰，是認(rèn)真學(xué)習(xí)過編程（代碼控制、框架設(shè)計(jì)等），而只是拿來主義的實(shí)踐者。那么，在他們的實(shí)踐中，基本上都是原始的、感性的。像作家那樣，有的人換了不同的紙張，就寫不出來文章。不理解的人，就說“拉不出屎來怨茅房”。 因?yàn)樽约菏紫葘W(xué)習(xí)了C語言，有什么問題，都想用C來解決； 因?yàn)樽约菏紫葘W(xué)習(xí)了Fortan語言，有什么問題，都想用Fortran來解決； 因?yàn)樽约菏紫葘W(xué)習(xí)了C++語言，有什么問題，都想用C++來解決。 其實(shí)，這根本不是問題。問題的核心，在于你是不是像在墜落的電梯里那樣，急于抓起一個(gè)東西解決問題，而不在意那件東西是什么。如果是這樣的話，你肯定沒有認(rèn)真雕琢過你的代碼，而且認(rèn)為這不是你該做的事情。既然如此，那么抓住的是別人的頭發(fā)，還是鞋帶，又有什么區(qū)別呢？你只要記住，抓住自己的頭發(fā)是不管用的，那就好了。 換一種直接的說法：你究竟是想當(dāng)科學(xué)家，還是想當(dāng)程序開發(fā)者？這兩種角色，要在短短的二、三年內(nèi)實(shí)現(xiàn)“合體”，是不可能的。 作家陳染寫到：人們的“偏執(zhí)”會(huì)表現(xiàn)在對(duì)于往昔喜愛過的人或物專心致志的懷念上。但是，世界在變，貌似始終如一的自己其實(shí)也在變化----多年以后，當(dāng)與被懷念者再次相遇時(shí)，我們竟悲哀地發(fā)現(xiàn)，他出現(xiàn)的那一刻，竟成為在我們心目中消逝的一刻。 陳染的描述，用了“多年以后”。其實(shí)，我倒是覺得，我們沒怎么變。一心想當(dāng)科學(xué)家的，不屑于開發(fā)軟件，而開發(fā)軟件的，則......。如果有人能創(chuàng)造一種量子化學(xué)語言，像信號(hào)處理中的MatLab那樣，或許關(guān)于編程語言的感嘆，就會(huì)像浮云那樣，只不過是遮住冷日殘虹的過眼之物而已。 再啰嗦一句：踏踏實(shí)實(shí)地開發(fā)一套函數(shù)，C的也好，F(xiàn)ortran也好，算是中國量子化學(xué)研究者的貢獻(xiàn)吧。名字我都想好了，就叫ChinaQ。呵呵。 就像這篇帖子一樣，兩條線路糾纏在一起，闡述得很雜亂。關(guān)于Fortran/C與量化，也是這樣。 [ Last edited by yyqiao on 2011-5-10 at 06:15 ] |
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