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[交流]
酶切條件
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最近要開始做酶切了,在研究反應(yīng)條件,檢索文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn),不同實(shí)驗(yàn)中同一種內(nèi)切酶的孵育時(shí)間竟然還不相同,有說過夜的,有的就2,3個(gè)小時(shí)的,差別還挺大。另外,有說PCR產(chǎn)物要先回收的,而實(shí)際上也有直接切下去,很好奇這個(gè)反應(yīng)條件該怎么定下來~~~ |
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專家顧問 (知名作家)
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專家經(jīng)驗(yàn): +248 |
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你切多久能切好就切多久,別人的只能參考,而且你不同的樣品用同一種酶來切不一定切多久就能切好。就是同樣的材料,不同的時(shí)候提取的純度也不同,酶切時(shí)間也不同,就像我有一個(gè)質(zhì)粒,某次提取的一切就好,另一次提取的老是切不完全。 PCR產(chǎn)物也是,別人的產(chǎn)物或許沒有一點(diǎn)兒雜帶,而你的就不一定了,人家不回收就切是因?yàn)橹滥茏龊茫阕约旱倪不知道呢,別光看別人怎么做,別人的不一定適合自己。 |
木蟲 (正式寫手)
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酶切條件的說,說明書上1個(gè)小時(shí)就能切開。。。 但是在加保護(hù)堿基的時(shí)候有個(gè)表不知道你注意了沒有 http://lvxh.bokee.com/3953618.html 可以參考一下 有的酶是2個(gè)小時(shí)效率就不錯(cuò),但是有的要20小時(shí)才達(dá)到90% 所以保守一點(diǎn)的話,俺們基本都是過夜切的 時(shí)間太長也不好,怕切除星號(hào)活性 切得時(shí)候,更深一點(diǎn)的話,要考慮目標(biāo)序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)。,所以切長點(diǎn)時(shí)間是首選 不過你可以切完了泡個(gè)電泳看看,多長時(shí)間能切開一目了然 |
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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俺那個(gè)說明書木有寫參考反應(yīng)體系。。但有這樣一些文字: 16-hour incubationg:a 50 ul reaction containing 1 ug of DNA and 50 units of enzyme incubated for 16 hours results in the same pattern of DNAbands as a reaction incubated for 1 hour with 1 unit of enzyme. survival in a reaction :a minimum of 0.13 unit is required to digest 1 ug of substrate DNA in 16 hours 是不是可以參照這些設(shè)計(jì)體系? |
金蟲 (正式寫手)
木蟲 (小有名氣)
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不同內(nèi)切酶,不同公司產(chǎn)品都有所不同,如果做雙酶切最好選用同一家公司的,因?yàn)橥还緯?huì)為雙酶切準(zhǔn)備公用buffer。各種離子濃度時(shí)影響酶切效率的關(guān)鍵之一。至于酶切時(shí)間,都是不同的,每個(gè)公司以及不同的沒都有區(qū)別,你可以仔細(xì)看他們的產(chǎn)品說明書,一般是比較大的一本書上,上面都有,上面還有好多注意事項(xiàng)和例子什么的,講的很詳細(xì)。酶切時(shí)間和酶的加入量要根據(jù)具體情況調(diào)配。單酶切和雙酶切即使酶相同,也是有區(qū)別的,因?yàn)殡p酶切換用了公用buffer,降低酶的效率,所以有時(shí)候要加大個(gè)別酶的加入量或延長反應(yīng)時(shí)間,才能完全酶切好。至于是否需要回收,這個(gè)回答是肯定的,最好回收,要么就純化。因?yàn)镻CR的Buffer與內(nèi)切酶是不一樣的,即使成分一樣,含量也有差別,肯定會(huì)有影響的,有些人不回收也做出來了,那是運(yùn)氣好,正好那酶的Buffer跟PCR的相似或那酶對Buffer要求不高。但要是沒切出來,那就要注意一下了。祝你實(shí)驗(yàn)順利! |
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嗯,是有說明書,上面說了孵育溫度,但沒有寫酶切時(shí)間啊,只有這樣一些文字: 16-hour incubationg:a 50 ul reaction containing 1 ug of DNA and 50 units of enzyme incubated for 16 hours results in the same pattern of DNAbands as a reaction incubated for 1 hour with 1 unit of enzyme. survival in a reaction :a minimum of 0.13 unit is required to digest 1 ug of substrate DNA in 16 hours 是不是可以參照這些設(shè)計(jì)體系? |
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