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[求助]
怎樣設(shè)置柔性殘基？
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請教各位牛人： 在用AutoDock進(jìn)行分子對接時(shí)，將蛋白質(zhì)的哪些殘基設(shè)置成柔性的，依據(jù)是什么呢？又將柔性殘基中的哪些可旋轉(zhuǎn)鍵定義為不可旋轉(zhuǎn)的呢？ 有時(shí)候又為什么要將配體小分子的某些可旋轉(zhuǎn)鍵定義為不可旋轉(zhuǎn)的？設(shè)置時(shí)的依據(jù)是什么？ 感激萬分！ [ Last edited by ghcacj on 2011-5-21 at 17:15 ] |
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2樓2011-05-19 23:44:17
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
lily_llf(金幣+1): 2011-05-20 08:28:12
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-05-21 17:14:54
lily_llf(金幣+1): 2011-05-20 08:28:12
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-05-21 17:14:54
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依據(jù)是文獻(xiàn)報(bào)道，如果有相似的酶的活性位點(diǎn)的報(bào)道的話，你可以參照一下，需要說明的是AD4的柔性對接效果不是特別好，把配體小分子的某些可旋轉(zhuǎn)鍵定位成不可旋轉(zhuǎn)可能有兩方面的考慮：1，節(jié)省計(jì)算時(shí)間2，如果文獻(xiàn)報(bào)道中有表明配體的一部分結(jié)構(gòu)相對剛性，可能需要保證這一部分的結(jié)構(gòu)比較固定 |
3樓2011-05-20 07:52:04
4樓2011-05-20 08:29:40
5樓2011-05-20 08:38:44
chemozhang
木蟲 (正式寫手)
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6樓2011-09-05 19:19:28
zh1987hs: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 09:47
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發(fā)言屏蔽 [ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:47 ] |
7樓2012-04-02 19:12:05
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