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crispsoft金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬疑惑 已有6人參與
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各位同學(xué)，我最近剛接觸MDS，有幾個(gè)問(wèn)題一直沒(méi)搞清 （1）是應(yīng)該先空載蛋白進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬優(yōu)化好蛋白后對(duì)接一個(gè)配體再進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬呢，還是直接把分子對(duì)接到蛋白上直接做分子動(dòng)力學(xué)？（該蛋白的pdb文件可以下載） （2）如果對(duì)接位點(diǎn)是根據(jù)有關(guān)文獻(xiàn)推測(cè)而不是通過(guò)軟件搜索的，在寫(xiě)文章時(shí)是否需要進(jìn)一步用其他方法證明位點(diǎn)的可靠性？ 請(qǐng)指教，謝謝大家 |
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xiaowuxian
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2樓2011-03-05 10:20:46
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yalefield
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+4): 謝謝老漢的指教，我一直把配體的柔性當(dāng)成理所當(dāng)然的了~哈哈~ 2011-03-06 22:28:52
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+4): 謝謝老漢的指教，我一直把配體的柔性當(dāng)成理所當(dāng)然的了~哈哈~ 2011-03-06 22:28:52
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俺最早看到的柔性對(duì)接，是指配體小分子在對(duì)接姿態(tài)/構(gòu)象上可以變化，而大分子不動(dòng)。 后來(lái)，大分子也可以柔性了，例如，您可以指定2-4個(gè)殘基，可以在對(duì)接過(guò)程中有構(gòu)象變化。 再后來(lái)，俺就不知道咯，俺的硬盤(pán)壞了...... |
4樓2011-03-06 09:08:30
crispsoft
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zh1987hs:編輯內(nèi)容 2011-03-06 22:31
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請(qǐng)問(wèn)在動(dòng)力學(xué)模擬中，如果不事先把配體和受體對(duì)接，是否有可能只是把兩個(gè)分子放一起，看看動(dòng)力學(xué)過(guò)程如何進(jìn)行呢？ 據(jù)說(shuō)在很早的時(shí)候，分子動(dòng)力學(xué)模擬本身就是作為一種對(duì)接的方法而存在的，在模擬前將小分子放到活性位點(diǎn)附近，再施以長(zhǎng)時(shí)間的模擬，考察配體和受體的結(jié)合狀況。但是我在實(shí)際操作中。一般都是先對(duì)接后模擬的~ [ Last edited by zh1987hs on 2011-3-6 at 22:31 ] |
5樓2011-03-06 22:19:21
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jiaoyixiong(金幣+3): 鼓勵(lì)交流 2012-02-16 00:19:48
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
jiaoyixiong(金幣+3): 鼓勵(lì)交流 2012-02-16 00:19:48
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第一個(gè)問(wèn)題還沒(méi)回答呢？ 我覺(jué)得取決于你蛋白的穩(wěn)定性了， 1）如果你的蛋白螺旋比較多很穩(wěn)定，可以先動(dòng)力學(xué)優(yōu)化之后再對(duì)接，進(jìn)而動(dòng)力學(xué)模擬， 2）如果loop比較多，在對(duì)接前進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬很容易影響對(duì)接結(jié)果，所以這種情況下建議先分子對(duì)接再動(dòng)力學(xué)模擬。 歡迎批評(píng)指正  |
6樓2012-02-15 21:32:24
29050801
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