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yahoohoo鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【討論】分子動(dòng)力學(xué)軟件的速度 已有8人參與
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| 用過Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否談?wù)勥@些分子動(dòng)力學(xué)軟件的速度比較 |
鐵蟲 (小有名氣)
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木蟲 (小有名氣)
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鐵桿木蟲 (著名寫手)
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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GROMACS進(jìn)行了大量的算法的優(yōu)化,使其計(jì)算功能更強(qiáng)大。 例如:在計(jì)算矩陣的逆時(shí),算法的內(nèi)循環(huán)會(huì)根據(jù)自身系統(tǒng)的特點(diǎn)自動(dòng)選擇由C語言或 Fortran來編譯。GROMACS中對(duì)Altivec loops的計(jì)算,無論是在Linux還是MacOSX.系統(tǒng)上,它都要比其它軟件快3-10倍,而且GROMACS提高計(jì)算速度的同時(shí)也保證了計(jì)算精度。 但是,具體是怎么優(yōu)化的,我并不是很清楚,不好意思 |
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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