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yahoohoo鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
【討論】分子動(dòng)力學(xué)軟件的速度 已有8人參與
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| 用過(guò)Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否談?wù)勥@些分子動(dòng)力學(xué)軟件的速度比較 |
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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GROMACS進(jìn)行了大量的算法的優(yōu)化，使其計(jì)算功能更強(qiáng)大。 例如：在計(jì)算矩陣的逆時(shí)，算法的內(nèi)循環(huán)會(huì)根據(jù)自身系統(tǒng)的特點(diǎn)自動(dòng)選擇由C語(yǔ)言或 Fortran來(lái)編譯。GROMACS中對(duì)Altivec loops的計(jì)算，無(wú)論是在Linux還是MacOSX.系統(tǒng)上，它都要比其它軟件快3-10倍，而且GROMACS提高計(jì)算速度的同時(shí)也保證了計(jì)算精度。 但是，具體是怎么優(yōu)化的，我并不是很清楚，不好意思 |
9樓2010-09-10 23:38:19
wdali
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2樓2010-09-10 09:08:42
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3樓2010-09-10 10:23:10
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4樓2010-09-10 10:27:26
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