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crispsoft金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】關(guān)于分子動力學(xué)模擬疑惑 已有6人參與
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各位同學(xué)，我最近剛接觸MDS，有幾個(gè)問題一直沒搞清 （1）是應(yīng)該先空載蛋白進(jìn)行分子動力學(xué)模擬優(yōu)化好蛋白后對接一個(gè)配體再進(jìn)行分子動力學(xué)模擬呢，還是直接把分子對接到蛋白上直接做分子動力學(xué)？（該蛋白的pdb文件可以下載） （2）如果對接位點(diǎn)是根據(jù)有關(guān)文獻(xiàn)推測而不是通過軟件搜索的，在寫文章時(shí)是否需要進(jìn)一步用其他方法證明位點(diǎn)的可靠性？ 請指教，謝謝大家 |
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3樓2011-03-05 22:58:34
xiaowuxian
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2樓2011-03-05 10:20:46
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4樓2011-03-06 09:08:30
crispsoft
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zh1987hs:編輯內(nèi)容 2011-03-06 22:31
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請問在動力學(xué)模擬中，如果不事先把配體和受體對接，是否有可能只是把兩個(gè)分子放一起，看看動力學(xué)過程如何進(jìn)行呢？ 據(jù)說在很早的時(shí)候，分子動力學(xué)模擬本身就是作為一種對接的方法而存在的，在模擬前將小分子放到活性位點(diǎn)附近，再施以長時(shí)間的模擬，考察配體和受體的結(jié)合狀況。但是我在實(shí)際操作中。一般都是先對接后模擬的~ [ Last edited by zh1987hs on 2011-3-6 at 22:31 ] |
5樓2011-03-06 22:19:21
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