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gxsulong至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
從固定MD中提取不同構(gòu)象跑不固定MD？
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| 我現(xiàn)在碰到一個(gè)搞不懂的問(wèn)題想向大家請(qǐng)教：我做完固定MD后（1ns）想從出來(lái)的trr文件中提取不同的構(gòu)象（不同時(shí)間段的構(gòu)象）來(lái)做后面的不固定MD，應(yīng)該怎么做？謝謝 |
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liqingwen
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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gxsulong(金幣+1): 謝謝參與 2011-05-23 15:36:57
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-05-23 22:41:49
gxsulong(金幣+1): 謝謝參與 2011-05-23 15:36:57
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-05-23 22:41:49
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如果樓主是做NAMD的話，可以把不同時(shí)刻的構(gòu)象的pdb提取出來(lái)，作為你的輸入文件。因?yàn)閯?dòng)力學(xué)模擬是根據(jù)位置來(lái)計(jì)算能量，進(jìn)而確定加速度以及下一時(shí)刻的位置的。具體做法： set all [atomselect top all] (此刻的“top”顯示的應(yīng)該是你需要提取的構(gòu)象) $all writepdb ****.pdb |
2樓2011-05-23 12:13:50
gxsulong
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3樓2011-05-23 15:36:41
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