fangyongxinxi

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[求助] vasp 過渡態(tài)計算線性插值方法。

如題，自己在用vasp做一個金屬相變的過渡態(tài)，在vasp計算過程中，用nebmake.pl（網(wǎng)上下載的，用來生成neb中間點的小程序），但自己做的結(jié)果一直不能重復別人的工作。
so, 在做neb,生成中間點的過程中，還有其他方法嗎？
或者在用這個小程序的時候，需要特別注意的地方時什么。
2.
有什么方法可以看到線性差值后，結(jié)構(gòu)變化的過程（圖形漸變顯示）？

謝謝。

[ Last edited by fangyongxinxi on 2011-5-28 at 19:18 ]

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1樓 2011-05-28 14:24:36

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cavediger

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★
賀儀(金幣+1): 多謝指導 2011-06-01 20:14:10

引用回帖:

Originally posted by fangyongxinxi at 2011-05-28 14:24:36:
如題，自己在用vasp做一個金屬相變的過渡態(tài)，在vasp計算過程中，用nebmake.pl（網(wǎng)上下載的，用來生成neb中間點的小程序），但自己做的結(jié)果一直不能重復別人的工作。
so, 在做neb,生成中間點的過程中，還有其他方 ...

插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

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2樓2011-06-01 18:49:57

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fangyongxinxi

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引用回帖:

Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

請問interpolate在哪里有下載？
望指教，謝謝。

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3樓2011-06-01 20:44:59

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cavediger

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引用回帖:

Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-01 20:44:59:
請問interpolate在哪里有下載？
望指教，謝謝。

和你的nebmake一樣，都是Henkelmann的..

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4樓2011-06-01 22:38:10

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stractor

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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-02 10:02:48

“但自己做的結(jié)果一直不能重復別人的工作”
是指能壘和別人的不一樣嗎？你保證你的POSCA1和POSCAR2是別人文獻中一樣的構(gòu)型嗎？
你把INCAR貼出來才是硬道理。

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5樓2011-06-02 02:15:36

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引用回帖:

4樓: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 22:38:10:
和你的nebmake一樣，都是Henkelmann的..

哥們，能分享下INTERPOLATE嗎，多謝了

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6樓2011-08-23 20:58:33

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xiao72379

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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-25 23:34:08

引用回帖:

2樓: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

我和cavediger兄得認識有點出入查了下VTST的腳本貌似NEB計算線性內(nèi)插image用nebmake.pl是沒什么問題的網(wǎng)站上對這一腳本的解釋如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output: directories [00,NI+1] containing initial NEB POSCAR files

Takes initial and final POSCAR files, and linearly interpolates the specified number of images between them. The interpolated files are written to the directories 00 to NI+1, where NI is the number of specified images.

上面提到的interpolate腳本貌似在什么地方讀到過，不過我沒用過，是否能分享研究下，謝謝

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天行健君子以自強不息

7樓2011-08-24 16:12:49

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cavediger

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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-25 23:34:19

引用回帖:

7樓: Originally posted by xiao72379 at 2011-08-24 16:12:49:
我和cavediger兄得認識有點出入查了下VTST的腳本貌似NEB計算線性內(nèi)插image用nebmake.pl是沒什么問題的網(wǎng)站上對這一腳本的解釋如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output ...

哈哈，正常正常，我用的版本比較老，后來的更新沒有再看，很可能greame小伙子又改造了一下就NEBMAKE了.....
下面是原來的intepolate.pl，每次只能插入一個IMAGE，使用格式差不多，只是將你上面的IMAGE數(shù)，改成到IS的距離分數(shù)（假定IS到TS距離為單位長度）：

CODE:

eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*-  # This program interpolates between two POSCAR files by the given fraction.  use FindBin qw($Bin); use lib "$Bin"; use Vasp;  @args=@ARGV; @args==3 || die "usage: interpolate.pl   \n";  $poscarfile1=$args[0]; $poscarfile2=$args[1]; $fraction=$args[2];  ($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile1);  print "Read $poscarfile1...\n";  ($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile2);  $description=`head -n 1 $poscarfile1`; chop($description);  print "Read $poscarfile2...\n"; print "Total atoms: $total_atoms...\n"; print "Lattice: $lattice...\n";  for ($i=0;$i<$total_atoms;$i++) {   for ($j=0;$j<3;$j++) {     $interpolated->[$i][$j]=pbc($coordinates1->[$i][$j]+$fraction*                                 pbc($coordinates2->[$i][$j]-$coordinates1->[$i][$j]));   } }  write_poscar($interpolated,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective,$description,"POSCAR.out");

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8樓2011-08-24 18:05:30

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xx4751

銅蟲 (正式寫手)

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你好，線性插值的腳本怎么用啊？謝謝

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9樓2012-10-04 10:42:00

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