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xulinan木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
配體受體MD
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| 想用Gromacs做一個(gè)配體受體的模擬，配體受體的pdb文件都有，然后先建一個(gè)受體的盒子，怎么把配體加進(jìn)去？用什么命令��？謝謝 |
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xulinan
木蟲(chóng) (小有名氣)
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ghcacj(金幣+5): 謝謝分享 2011-06-08 19:04:19
ghcacj(金幣+5): 謝謝分享 2011-06-08 19:04:19
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經(jīng)過(guò)手冊(cè)和網(wǎng)上教程的簡(jiǎn)單學(xué)習(xí)，現(xiàn)將方法總結(jié)如下，供大家參考，也請(qǐng)路過(guò)的高手指出問(wèn)題，以便及時(shí)改正。 1、用pdb2gmx分別生成兩個(gè)已知pdb的top、gro和itp文件（為方便描述，兩個(gè)蛋白下面分別用a、b表示） 2、修改gro文件。將其中b的gro的坐標(biāo)復(fù)制到a的gro文件中（粘貼到a坐標(biāo)之后就可以），同時(shí)修改原子總數(shù)。 3、修改top文件。在a的top文件中加入下列內(nèi)容 ；Include ligand topology # include “b.itp” 最后在[molecules]結(jié)尾加：protein 1（分子的名字和數(shù)量） 4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶劑等等） 還有些沒(méi)明白的就是兩個(gè)蛋白位置的隨機(jī)性了，對(duì)于我的實(shí)驗(yàn)，我選取了前期模擬中的不同時(shí)間點(diǎn)pdb，合并后的結(jié)構(gòu)距離大于1nm，似乎剛好能符合我的計(jì)算。但是如果兩個(gè)結(jié)構(gòu)距離小于cotoff似乎就有問(wèn)題了。除了人為的選擇外，不知道是否還有其他方法。有做過(guò)的朋友請(qǐng)指正一下�。。� |
2樓2011-06-08 17:46:20
3樓2011-06-08 19:25:32
xulinan
木蟲(chóng) (小有名氣)
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哈哈，對(duì)接確實(shí)是一種配體受體研究的很好方法，不過(guò)我做的目的不一樣。這個(gè)怪我闡述的不清楚。嚴(yán)格的說(shuō)我做的不是配體和受體，是研究?jī)蓚�(gè)蛋白質(zhì)的相互作用，這個(gè)過(guò)程是一個(gè)由混亂無(wú)序到穩(wěn)定有序的過(guò)程，所有才要在前期隨機(jī)的加結(jié)構(gòu)進(jìn)去，然后做多次的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。不過(guò)你說(shuō)的方法在研究配體受體作用時(shí)常用到，而且省時(shí)、相對(duì)更準(zhǔn)確。非常感謝你的建議。  |
4樓2011-06-09 11:49:28
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