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xulinan木蟲 (小有名氣)
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[求助]
配體受體MD
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| 想用Gromacs做一個配體受體的模擬，配體受體的pdb文件都有，然后先建一個受體的盒子，怎么把配體加進去？用什么命令��？謝謝 |
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xulinan
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★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝分享 2011-06-08 19:04:19
ghcacj(金幣+5): 謝謝分享 2011-06-08 19:04:19
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經(jīng)過手冊和網(wǎng)上教程的簡單學(xué)習(xí)，現(xiàn)將方法總結(jié)如下，供大家參考，也請路過的高手指出問題，以便及時改正。 1、用pdb2gmx分別生成兩個已知pdb的top、gro和itp文件（為方便描述，兩個蛋白下面分別用a、b表示） 2、修改gro文件。將其中b的gro的坐標(biāo)復(fù)制到a的gro文件中（粘貼到a坐標(biāo)之后就可以），同時修改原子總數(shù)。 3、修改top文件。在a的top文件中加入下列內(nèi)容 ；Include ligand topology # include “b.itp” 最后在[molecules]結(jié)尾加：protein 1（分子的名字和數(shù)量） 4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶劑等等） 還有些沒明白的就是兩個蛋白位置的隨機性了，對于我的實驗，我選取了前期模擬中的不同時間點pdb，合并后的結(jié)構(gòu)距離大于1nm，似乎剛好能符合我的計算。但是如果兩個結(jié)構(gòu)距離小于cotoff似乎就有問題了。除了人為的選擇外，不知道是否還有其他方法。有做過的朋友請指正一下�。�！ |
2樓2011-06-08 17:46:20
3樓2011-06-08 19:25:32
xulinan
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4樓2011-06-09 11:49:28
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