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baiyuefei版主 (文學(xué)泰斗)
風(fēng)雪
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[求助]
請高手用Platon算下我的這個單晶的C-H pi 作用是否存在？
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我的晶體所有數(shù)據(jù)在下面 https://good.gd/1284907.htm 如題，請高手用Platon算下我的晶體是否存在C-H pi ，即C(28)-H(28A)***pi (benzene ring)是否存在呢，并把結(jié)果粘貼在過來看下。 至于怎么算以下是我搜索到的一個例子可供參考： platon自動計算一下，即在platon中點擊“cacu all"會出現(xiàn)一個lis文件，在其中就可以找到你要的東西。如果程序認為沒有這種作用，那么你可能在lis文件中就找不到下面的東西： ==================================================================================================================================== Analysis of Y-X...Cg(Pi-Ring) Interactions (X..Cg < 4.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== Y--X(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] X..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S X-Perp Gamma Y-X..Cg Y..Cg Y-X,Pi C(19) -Cl(1) [ 1] -> Cg(5) [ 2564.02] 3.626(5) 0.9324 0.3227-0.1629 10.9734 3.614 4.66 93.9(3) 4.118(10) 0.72 C(39) -Cl(2) [ 2] -> Cg(1) [ 4555.01] 3.623(5) 0.3308-0.9275 0.1743 4.7128 3.612 4.63 93.7(4) 4.126(10) 0.91 ------- ---------------------------------------------- Min or Max 3.623 3.612 4.63 93.90 4.118 0.91 [ 2564] = X,1-Y,-1/2+Z [ 4555] = 1/2+X,1/2-Y,1/2+Z The Cg(I) refer to the Ring Centre-of-Gravity numbers given in () in the Ring-Analysis above |
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ys851216
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【答案】應(yīng)助回帖
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drg1984(金幣+1): 謝謝回帖交流！ 2011-06-15 15:51:09
baiyuefei(金幣+49): 2011-06-15 15:56:51
baiyuefei(金幣+51): 非常感謝 2011-06-15 19:01:00
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baiyuefei(金幣+51): 非常感謝 2011-06-15 19:01:00
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Analysis of X-H...Cg(Pi-Ring) Interactions (H..Cg < 3.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== X--H(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] H..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S H-Perp Gamma X-H..Cg X..Cg X-H,Pi C(14) -H(14) [ 1] -> Cg(3) [ 6545.01] 2.93 -0.9967-0.0403-0.0710 -9.3463 2.76 19.28 174 3.854(7) 77 C(28) -H(28A) [ 1] -> Cg(5) [ 1555.01] 2.79 -0.2327 0.1798 0.9558 2.2010 -2.77 5.99 152 3.673(6) 59 ---------- ---------------------------------------------- Min or Max 2.790 -2.770 5.99 174.00 3.673 77.00 [ 6545] = 1/2-X,-1/2+Y,1/2-Z [ 1555] = X,Y,Z |
2樓2011-06-15 15:07:32
ys851216
木蟲 (正式寫手)
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drg1984(金幣+1): 謝謝回帖交流！ 2011-06-15 15:51:20
drg1984(金幣+1): 謝謝回帖交流！ 2011-06-15 15:51:20
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你給的例子是計算Y-X...Cg(Pi-Ring)的 Analysis of Y-X...Cg(Pi-Ring) Interactions (X..Cg < 4.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== Y--X(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] X..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S X-Perp Gamma Y-X..Cg Y..Cg Y-X,Pi C(1) -Br(1) [ 1] -> Cg(5) [ 7566.01] 3.880(2) 0.2327-0.1798-0.9558 -13.0597 3.368 29.75 150.40(17) 5.593(5) 73.02 ---------- ---------------------------------------------- Min or Max 3.880 3.368 29.75 150.40 5.593 73.02 [ 7566] = 1/2-X,3/2-Y,1-Z |
3樓2011-06-15 15:09:09
baiyuefei
版主 (文學(xué)泰斗)
風(fēng)雪
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請問下高手，我的晶體是否存在C(28)-H(28A)***pi (benzene ring)作用呢？ 非晶體專業(yè)不是太明白麻煩高手了，鍵長一般在多少范圍內(nèi)算是有C-H***pi 作用呢？有具體參考文獻嗎？我有重獎給您，金幣不是問題啊再多加金幣給您可以嗎？審稿人讓我舉出C-H***pi 的鍵長范圍是多少，可自己不會啊。審稿人給的信息如下： Characterization of non-covalent interactions. Authors should also provide more arguments on why they think that CH…N bond with almost 3 Å length is a strong one ("There is a strong intramolecular hydrogen bond, C(11)-H(11)…N(3) forming a six-membered ring."  . This interaction is commonly believed to be a weak one.This would be also interesting if authors can do some computational investigation to estimate the energy of this bond in order to classify its strength. To evaluate CH…N and CH… consider using Natural Bonds Orbitals (NBO) [4] and/or Atoms in Molecule (AIM) [5] approaches. Author suggested that C-H… criteria for this type of bond. They might use the results of recent analysis of 1154 proteins from PDB bank [6] work to support their statement about this type of interaction. |
4樓2011-06-15 15:56:10
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