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s s p邊界 原子數(shù)增多的問題
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我用lattice 命令建了一個(gè)含8個(gè)原子的unit cell 然后創(chuàng)建一個(gè)4*4*16的方盒子 用f f p邊界條件時(shí)，創(chuàng)建的原子數(shù)是2048，和我預(yù)想的一樣。 但是用s s p邊界條件時(shí)，原子數(shù)確成了2320！看了手冊(cè)上對(duì)boundary的介紹，還是不理解用s的邊界原子數(shù)增多了。 是否是由于s邊界條件會(huì)在lattice的上下表面都添加原子，這樣擴(kuò)胞是原子重疊引起的原子數(shù)增加呢，這樣的話應(yīng)該怎么解決呢？ 謝謝了！ |
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2樓2011-06-28 21:11:59
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congmingbing(金幣+1):謝謝參與
御劍江湖(金幣+10): 謝謝 2011-06-29 10:52:25
congmingbing(金幣+1):謝謝參與
御劍江湖(金幣+10): 謝謝 2011-06-29 10:52:25
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你如果只想用2048個(gè)原子又不想用周期性邊界條件，最簡單最直接的方法就是： 1. 用周期性邊界條件，生成2048個(gè)原子，并把構(gòu)型寫入一個(gè)數(shù)據(jù)文件中； 2. 用非周期性邊界條件，初始構(gòu)型從數(shù)據(jù)文件讀入。呵呵。 第二種方法： 先檢查一下你的構(gòu)型，是不是像你想的那樣，用了s邊界后，生成的原子在上下表面都有，如果是的話，那么可以： 1. 用s邊界，生成2320個(gè)原子。 2. 把上邊界或者下邊界的原子定義到一個(gè)group中。 3. 用delete_atom命令，把不需要的原子刪掉。呵呵。 這個(gè)方法只需要一個(gè)script，但是你第一次使用的話，要對(duì)生成的構(gòu)型進(jìn)行仔細(xì)驗(yàn)證，實(shí)際上還是需要用一個(gè)周期性邊界的構(gòu)型來對(duì)比。 |
3樓2011-06-28 22:10:17
★
御劍江湖(金幣+8): 謝謝 2011-06-29 10:52:37
御劍江湖(金幣-7): 不好意思，錯(cuò)評(píng)對(duì)象。 2011-06-29 10:54:12
御劍江湖(金幣+8): 謝謝 2011-06-29 10:52:37
御劍江湖(金幣-7): 不好意思，錯(cuò)評(píng)對(duì)象。 2011-06-29 10:54:12
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我是這樣解決的這個(gè)問題： region box block 0 0.95 0 0.95 0 16 #read_data data.Si create_box 1 box create_atoms 1 box replicate 4 4 1 開始先建一個(gè)1*1*16的盒子，然后用replicate命令在x y方向擴(kuò)大4倍。 在往盒子里填原子的時(shí)候，為了避免邊界原子重復(fù)填入，所以我在用region劃區(qū)的時(shí)候 不是選的0 1 0 1，而是 0 0.95 0 0.95，這樣上邊界不在盒子內(nèi)，原子就不會(huì)再填入上邊界了。 不知道這樣做可不可以？ |
4樓2011-06-29 09:14:56
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