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congmingbing

木蟲 (正式寫手)

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[交流] s s p邊界原子數(shù)增多的問題

我用lattice 命令建了一個(gè)含8個(gè)原子的unit cell
然后創(chuàng)建一個(gè)4*4*16的方盒子
用f f p邊界條件時(shí)，創(chuàng)建的原子數(shù)是2048，和我預(yù)想的一樣。
但是用s s p邊界條件時(shí)，原子數(shù)確成了2320！看了手冊(cè)上對(duì)boundary的介紹，還是不理解用s的邊界原子數(shù)增多了。
是否是由于s邊界條件會(huì)在lattice的上下表面都添加原子，這樣擴(kuò)胞是原子重疊引起的原子數(shù)增加呢，這樣的話應(yīng)該怎么解決呢？

謝謝了！

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1樓 2011-06-15 21:34:56

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老虎大王

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congmingbing(金幣+1):謝謝參與
御劍江湖(金幣+10): 謝謝 2011-06-29 10:52:25

你如果只想用2048個(gè)原子又不想用周期性邊界條件，最簡(jiǎn)單最直接的方法就是：
1. 用周期性邊界條件，生成2048個(gè)原子，并把構(gòu)型寫入一個(gè)數(shù)據(jù)文件中；
2. 用非周期性邊界條件，初始構(gòu)型從數(shù)據(jù)文件讀入。呵呵。

第二種方法：
先檢查一下你的構(gòu)型，是不是像你想的那樣，用了s邊界后，生成的原子在上下表面都有，如果是的話，那么可以：
1. 用s邊界，生成2320個(gè)原子。
2. 把上邊界或者下邊界的原子定義到一個(gè)group中。
3. 用delete_atom命令，把不需要的原子刪掉。呵呵。
這個(gè)方法只需要一個(gè)script，但是你第一次使用的話，要對(duì)生成的構(gòu)型進(jìn)行仔細(xì)驗(yàn)證，實(shí)際上還是需要用一個(gè)周期性邊界的構(gòu)型來對(duì)比。

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3樓2011-06-28 22:10:17

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hyliao

銅蟲 (小有名氣)

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★ ★ ★ ★
congmingbing(金幣+1):謝謝參與
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-06-29 10:51:58

s自由邊界，就是說邊界上的原子都屬于這個(gè)區(qū)域，沒有與其他邊界共享。比如一個(gè)晶包（二位的正方形）四個(gè)角上都有一個(gè)原子。如果x，y方向都是f的話，那么就只算一個(gè)原子。如果x，y方向是s的話，則有4個(gè)原子。
以上是個(gè)人觀點(diǎn)，不對(duì)的地方還請(qǐng)指正。

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2樓2011-06-28 21:11:59

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★
御劍江湖(金幣+8): 謝謝 2011-06-29 10:52:37
御劍江湖(金幣-7): 不好意思，錯(cuò)評(píng)對(duì)象。 2011-06-29 10:54:12

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2011-06-28 22:10:17:
你如果只想用2048個(gè)原子又不想用周期性邊界條件，最簡(jiǎn)單最直接的方法就是：
1. 用周期性邊界條件，生成2048個(gè)原子，并把構(gòu)型寫入一個(gè)數(shù)據(jù)文件中；
2. 用非周期性邊界條件，初始構(gòu)型從數(shù)據(jù)文件讀入。呵呵。

第 ...

我是這樣解決的這個(gè)問題：
region          box  block 0  0.95  0  0.95  0  16
#read_data       data.Si
create_box       1  box
create_atoms    1  box
replicate       4 4 1

開始先建一個(gè)1*1*16的盒子，然后用replicate命令在x y方向擴(kuò)大4倍。
在往盒子里填原子的時(shí)候，為了避免邊界原子重復(fù)填入，所以我在用region劃區(qū)的時(shí)候
不是選的0 1 0 1，而是 0  0.95  0  0.95，這樣上邊界不在盒子內(nèi)，原子就不會(huì)再填入上邊界了。

不知道這樣做可不可以？

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4樓2011-06-29 09:14:56

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老虎大王

木蟲 (著名寫手)

★ ★
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-08-09 11:11:24

嗯。開動(dòng)腦筋，辦法總比問題多。呵呵。不管你用什么方法，你最后簡(jiǎn)單地檢驗(yàn)一下，是正確的，就可以了。

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5樓2011-06-29 14:33:06

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