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同個任務(wù)同樣的節(jié)點數(shù)VASP4.6能算，而VASP5.2不能
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對24個原子的體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化任務(wù)，256個節(jié)點，VASP4.6可以計算，但VASP5.2（自旋軌道耦合版本）計算得到段錯誤提示： forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred。 用ulimit -a查了下stack size：無限制。 以前小體系的時候測試過，發(fā)現(xiàn)兩個版本計算效率挺接近的，這次體系增大，同時增大節(jié)點數(shù)，發(fā)現(xiàn)很大差異，基本上VASP5.2很容易出現(xiàn)段錯誤提示。 看到wuli8版主的段錯誤一個貼，最終解決是在FLAG的選項中加入: -heap-arrays 64，而我的VASP5.2版本原來編譯時候已經(jīng)加入了這項： FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrays 64 -I/opt/intel/mkl/10.2.1.017/include/fftw 其它編譯參數(shù)： FC=mpiifort CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV SCA=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 請教各位，編譯有沒問題，以前曾用這個VASP5.2計算過10個原子的自選軌道耦合，一直挺順利的。最近計算20原子的體系，總是出現(xiàn)問題。請大家?guī)兔聪率鞘裁磫栴}？ [ Last edited by zhang668 on 2011-6-15 at 22:22 ] |
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4樓2011-06-16 15:29:18
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
youzhizhe(金幣+5): 謝謝交流。 2011-06-16 09:50:48
youzhizhe(1ST強帖+1): 謝謝交流。 2011-06-16 09:51:16
zhang668(金幣+3): 非常感謝詳細指導(dǎo) 2011-06-16 15:00:22
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zhang668(金幣+3): 非常感謝詳細指導(dǎo) 2011-06-16 15:00:22
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1.查一查下OUTCAR里最后幾行的提示，是否進入了主循環(huán)計算？ 2.-heap-arrays 64 只是解決棧溢出問題，你只有那么點原子，考慮自旋也也不會產(chǎn)生此問題； 3.檢查一下你的編譯器的版本，INTEL 10.xxx編譯器本身有bug，會遇到一下意想不到的問題； 4.FC=mpiifort，這個是自己該的還是自動生成的？一般MPI編譯后，會建立個mpif90到ifort連接，即便并行編譯，F(xiàn)C=mpif90 或 ifort都可以； 5.你在做測試嗎？這么小的體系還用那么多個節(jié)點，并行效率很差，時間都浪費在CPU之間的通訊上了。你可以減少節(jié)點測試一下，或者串行試一下看看是否還有這個問題。 |
2樓2011-06-16 06:24:08
3樓2011-06-16 15:25:45
5樓2011-06-16 17:45:47
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