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shuifeng1988金蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
perl腳本求助，我想將一萬多個(gè)文件從fasta格序，改為phylip4格式
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| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夾中有一萬多個(gè).fasta文件，我想將它們修改序列格式為phylip4，并存在out文件夾中！我電腦上已經(jīng)裝好bioperl，請問怎么寫腳本？？ |
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微塵、夢想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
微塵、夢想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
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google大神還提供了這個(gè)：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat 看起來是cgi寫的，就當(dāng)perl腳本咯~ |
3樓2011-06-20 12:01:36
xioooli
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jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
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話說，我粗略的看了下上述兩種格式，簡單的腳本就能解決，用不著什么bioperl的大炮吧， google 大神給出的兩個(gè)貌似能解決問題的鏈接： python 版本 http://miss.ieph.net/archives/970 awk 版本 http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html |
2樓2011-06-19 22:45:55
shuifeng1988
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jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:46
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ] |
4樓2011-10-11 21:33:56
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jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg(金幣+2): 感謝分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置頂 2011-12-27 16:51:38
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg(金幣+2): 感謝分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置頂 2011-12-27 16:51:38
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:45 ] |
5樓2011-10-11 21:34:12
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