 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2290 | 回復(fù): 8 | |||
shuifeng1988金蟲 (小有名氣)
木蟲
|
[求助]
perl腳本求助，我想將一萬(wàn)多個(gè)文件從fasta格序，改為phylip4格式
|
| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夾中有一萬(wàn)多個(gè).fasta文件，我想將它們修改序列格式為phylip4，并存在out文件夾中！我電腦上已經(jīng)裝好bioperl，請(qǐng)問怎么寫腳本？？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 perl語(yǔ)言專欄 |
» 猜你喜歡
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
346求調(diào)劑[0856]
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級(jí)已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
310求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
機(jī)械專碩299求調(diào)劑至材料
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
08工科 320總分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 求助有機(jī)牛人，有什么辦法可以強(qiáng)有力的促進(jìn)還原消除啊~~
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 求助：篩菌中有關(guān)試劑和培養(yǎng)基的問題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 同個(gè)任務(wù)同樣的節(jié)點(diǎn)數(shù)VASP4.6能算，而VASP5.2不能
已經(jīng)有9人回復(fù)
- rtl格式的文件怎么打開？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 參考文獻(xiàn)格式求助
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【分享】處理DOSCAR文件的腳本和程序
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】namd、vmd推薦個(gè)學(xué)習(xí)修改和編寫腳本網(wǎng)站和地方吧
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】用vasp4.6計(jì)算GaAs的能帶結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有18人回復(fù)
xioooli
金蟲 (小有名氣)
- 程序強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 744
- 帖子: 82
- 在線: 33小時(shí)
- 蟲號(hào): 940951
- 注冊(cè): 2010-01-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥化
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
|
話說，我粗略的看了下上述兩種格式，簡(jiǎn)單的腳本就能解決，用不著什么bioperl的大炮吧， google 大神給出的兩個(gè)貌似能解決問題的鏈接： python 版本 http://miss.ieph.net/archives/970 awk 版本 http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html |
2樓2011-06-19 22:45:55
huycwork
金蟲 (著名寫手)
- 程序強(qiáng)帖: 22
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 953
- 散金: 663
- 紅花: 8
- 沙發(fā): 13
- 帖子: 1080
- 在線: 264.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1257243
- 注冊(cè): 2011-04-06
- 專業(yè): 金融學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
|
google大神還提供了這個(gè)：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat 看起來是cgi寫的，就當(dāng)perl腳本咯~ |
3樓2011-06-20 12:01:36
shuifeng1988
金蟲 (小有名氣)
木蟲
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 999
- 紅花: 1
- 帖子: 60
- 在線: 42.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1076748
- 注冊(cè): 2010-08-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 基因組學(xué)
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:46
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ] |
4樓2011-10-11 21:33:56
shuifeng1988
金蟲 (小有名氣)
木蟲
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 999
- 紅花: 1
- 帖子: 60
- 在線: 42.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1076748
- 注冊(cè): 2010-08-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 基因組學(xué)
★ ★
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg(金幣+2): 感謝分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置頂 2011-12-27 16:51:38
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:45
jjdg(金幣+2): 感謝分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置頂 2011-12-27 16:51:38
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:45 ] |
5樓2011-10-11 21:34:12
shuifeng1988
金蟲 (小有名氣)
木蟲
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 999
- 紅花: 1
- 帖子: 60
- 在線: 42.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1076748
- 注冊(cè): 2010-08-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 基因組學(xué)
6樓2011-10-11 21:36:19
dadalia
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 5101.5
- 散金: 200
- 帖子: 160
- 在線: 320.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 787534
- 注冊(cè): 2009-06-05
- 專業(yè): 基因組學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shuifeng1988(金幣+5): 2011-12-27 17:05:26
余澤成(金幣+3): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-12-29 21:50:12
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shuifeng1988(金幣+5): 2011-12-27 17:05:26
余澤成(金幣+3): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-12-29 21:50:12
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } |
7樓2011-12-27 17:03:22
gaorongchao
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 719.2
- 紅花: 1
- 帖子: 83
- 在線: 34.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 1130491
- 注冊(cè): 2010-10-24
- 性別: GG
- 專業(yè): 植物學(xué)研究的新技術(shù)、新方
8樓2013-04-30 11:27:56
9樓2013-06-13 19:38:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 shuifeng1988 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +4 | WayneLim327 2026-03-16 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +10 | yy要上岸呀 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料工程（專）一志愿985 初試335求調(diào)劑 +3 | hiloiy 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +10 | 冷笙123 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 冬十三 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5 | sbdksD 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +9 | 手機(jī)用戶 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑招人�。�！ +3 | 山海天嵐 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +9 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京大學(xué)，080500材料科學(xué)與工程，調(diào)劑 +4 | Jy? 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070305求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|