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shuifeng1988金蟲(chóng) (小有名氣)
木蟲(chóng)
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[求助]
perl腳本求助，我想將一萬(wàn)多個(gè)文件從fasta格序，改為phylip4格式
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| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夾中有一萬(wàn)多個(gè).fasta文件，我想將它們修改序列格式為phylip4，并存在out文件夾中！我電腦上已經(jīng)裝好bioperl，請(qǐng)問(wèn)怎么寫腳本？？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shuifeng1988(金幣+5): 2011-12-27 17:05:26
余澤成(金幣+3): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-12-29 21:50:12
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shuifeng1988(金幣+5): 2011-12-27 17:05:26
余澤成(金幣+3): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-12-29 21:50:12
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } |
7樓2011-12-27 17:03:22
xioooli
金蟲(chóng) (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
jjdg(金幣+2): 感謝應(yīng)助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:19
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話說(shuō)，我粗略的看了下上述兩種格式，簡(jiǎn)單的腳本就能解決，用不著什么bioperl的大炮吧， google 大神給出的兩個(gè)貌似能解決問(wèn)題的鏈接： python 版本 http://miss.ieph.net/archives/970 awk 版本 http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html |
2樓2011-06-19 22:45:55
huycwork
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金幣+5): 2011-10-12 13:30:27
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google大神還提供了這個(gè)：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat 看起來(lái)是cgi寫的，就當(dāng)perl腳本咯~ |
3樓2011-06-20 12:01:36
shuifeng1988
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jjdg:編輯內(nèi)容 2011-10-12 04:46
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ] |
4樓2011-10-11 21:33:56
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