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qiqi2926

銅蟲 (小有名氣)

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[求助] 利用siesta做verlet MD時出現(xiàn)問題siesta: WARNING: Atoms

在利用siesta做verlet MD，用Si8做的時候順利結束，但是換成LiBH4或者NH3BH3時，均出現(xiàn)siesta: WARNING: Atoms  1880  2366 too close: rij = 0.288938 Ang之類的錯誤警告，不知道是怎么回事？
現(xiàn)將輸入文件附上：
SystemName       libh4
SystemLabel       libh4

NumberOfAtoms    24
NumberOfSpecies    3

%block ChemicalSpeciesLabel
1  1  H
2  3  Li
3  5  B
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisSize    SZ
PAO.EnergyShift    300 meV

LatticeConstant    6.4494  Ang

%block LatticeVectors
   1.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.822867243000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.820525940000000
%endblock LatticeVectors
MeshCutoff       130.0 Ry

%block kgrid_Monkhorst_Pack
6  0  0  0.0
0  6  0  0.0
0  0  6  0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

MaxSCFIterations 50
DM.MixingWeight    0.3
DM.NumberPulay    4
DM.Tolerance       1.d-4
DM.UseSaveDM

SolutionMethod    diagon
ElectronicTemperature  25 meV

MD.TypeOfRun       Verlet
MD.InitialTimeStep 1
MD.FinalTimeStep    200
MD.LengthTimeStep          3.0 fs
MD.InitialTemperature 10.0 K

WriteMDHistory T

AtomicCoordinatesFormat  Fractional

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.0949999988079071 0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h
0.0949999988079071 0.8339999914169313 0.5740000009536742 1 h
-0.0949999988079071  -0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h
-0.0949999988079071 0.1660000085830689 0.5740000009536743 1 h
0.5949999988079071  -0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h
0.5949999988079071 0.1660000085830688 0.5740000009536743 1 h
0.4050000011920930 0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h
0.4050000011920930 0.8339999914169310 0.5740000009536743 1 h
0.2500000000000000 0.0496999993920326 0.1831000000238419 1 h
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0.2500000000000000 0.5496999993920326 0.6831000000238418 1 h
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-0.2500000000000000  -0.0496999993920326 0.1831000000238419 1 h
-0.2500000000000000  -0.3510000109672546 0.3802999854087830 1 h
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-0.2500000000000000 0.1489999890327454 0.8802999854087829 1 h
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2 li
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0.5000000000000000  -0.0000000000000000  -0.0000000000000000 2 li
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-0.2500000000000000 0.2287999987602234 0.6729999929666519 3 b
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
如需要輸出文件，請留言告知
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1樓 2011-06-28 09:37:16

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hw45888792

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【答案】應助回帖

qiqi2926(金幣+1): 2011-06-28 10:18:58

Atoms 1880 2366 這兩個原子軌道離太近了，或者重合了，一般是最小單胞外面有原子，會與單胞內(nèi)某個原子重合，搭建結構的時候是很難發(fā)現(xiàn)的~

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2樓2011-06-28 10:11:12

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引用回帖:

Originally posted by hw45888792 at 2011-06-28 10:11:12:
Atoms 1880 2366 這兩個原子軌道離太近了，或者重合了，一般是最小單胞外面有原子，會與單胞內(nèi)某個原子重合，搭建結構的時候是很難發(fā)現(xiàn)的~

這個我知道，但是這個是什么原因造成的，需要修改的是哪個參數(shù)，為什么做 si 的時候是沒有問題的，做配位氫化物的時候就會出現(xiàn)問題？？？謝謝

贊一下

回復此樓

3樓2011-06-28 10:20:33

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hw45888792

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【答案】應助回帖

qiqi2926(金幣+9): 2011-07-04 09:58:16

引用回帖:

Originally posted by qiqi2926 at 2011-06-28 10:20:33:
這個我知道，但是這個是什么原因造成的，需要修改的是哪個參數(shù)，為什么做 si 的時候是沒有問題的，做配位氫化物的時候就會出現(xiàn)問題？？？謝謝

首先找到哪個原子重疊，檢測方法就是：在MS里面把你認為可能重疊的原子標記不同顏色，然后做成超單胞，去掉單胞外原子即可。
估計你在加氫的時候，產(chǎn)生的問題，檢測一下看看~

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4樓2011-06-28 10:27:50

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