 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1785 | 回復: 1 | |||
[交流]
分子模擬，ghost atom
|
| 學了這么久的分子模擬。但對分子模擬中的ghost atom 還是不太懂。不知道是不是一個原子的周期性的影像原子。 |
回復此樓» 猜你喜歡
086502化學工程342求調劑
已經有4人回復
-
材料求調劑一志愿哈工大324
已經有7人回復
-
328求調劑
已經有7人回復
-
340求調劑
已經有5人回復
-
一志愿南昌大學324求調劑
已經有4人回復
-
求調劑推薦 材料 304
已經有15人回復
-
291求調劑
已經有19人回復
-
331環(huán)境科學與工程求調劑
已經有3人回復
-
289求調劑
已經有8人回復
-
315分求調劑
已經有7人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 如果計算分子篩骨架中各原子的電荷
已經有4人回復
- 金屬Pt和C，O，H，原子的之間的相互作用用什么勢來描述？
已經有4人回復
- 如何 用高斯 固定部分原子 進行優(yōu)化
已經有4人回復
- 全原子力場與RDF的分析是否有關系？如何對原子基團或者分子進行RDF分析？
已經有11人回復
- 如何構建supercell使得supercell中的原子按順序標號
已經有3人回復
- 求助晶體建模的問題--原子坐標
已經有4人回復
- 蒙特-卡羅模擬中分子的原子數(shù)一般能有多少？
已經有6人回復
- 【求助】lmp_doc答疑1
已經有3人回復
- 【求助】如何在siesta中設置ghost state原子的計算
已經有16人回復
- 【求助】如何固定某幾個原子不動？
已經有20人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
西南交通大學醫(yī)學院招收生物醫(yī)學工程和材料與化工專業(yè)碩士研究生
+1/183
-
中國科學院青島生物能源與過程研究所 招生2-3名聯(lián)培生
+1/179
-
太原科技大學材料科學與工程學院招收金屬材料類博士一名
+1/82
-
南通大學國家級人才團隊招收衛(wèi)生檢驗、醫(yī)學檢驗相關方向調劑研究生
+2/56
-
上海大學 “生物有機電子材料及器件”團隊碩士、博士研究生招聘
+1/36
-
西華大學材料學院表面科學與工程技術科研團隊2026年招收研究生
+1/33
-
歡迎08開頭或部分07開頭的有緣人報考
+1/33
-
【211博士招生】環(huán)境化學、地學、毒理方向，擅長污染物遷移轉化降解、計算模擬者優(yōu)先
+1/33
-
08開頭有調劑需求的同學
+3/19
-
南京林業(yè)大學-國家級青年人才團隊 招2026級博士、碩士（合成化學、植物化學方向）
+1/11
-
港科大（廣州）招收光學傳感器，集成電路設計，醫(yī)學影像設備以及可穿戴設備方向的博士
+1/9
-
三峽大學 計算力學課題組招收調劑
+1/7
-
大連理工大學氣體監(jiān)測與環(huán)境催化團隊誠聘副教授、助理教授及博士后3-4名
+1/6
-
福建師范大學國家級人才團隊招收2026年博士研究生
+1/4
-
基于機器學習和人工智能的結構/合金設計-西安交大
+1/4
-
廣東唯一石化院校——資源與環(huán)境專碩招生
+1/4
-
CD40L抗體如何調控免疫應答？
+1/3
-
環(huán)境微生物與污染控制研究所招收2026碩士研究生
+1/3
-
南昌航空大學擬招收飛行器設計或計算空氣動力學研究方向博士生 1名
+1/1
-
2026年 武漢紡織大學 技術研究院 紡織纖維及制品教育部重點實驗室 接收調劑研究生！
+1/1
★
hyliao(金幣+1): 謝謝參與
hyliao(金幣+1): 謝謝參與
|
摘自百度回答者Jersey_zheng ： Lammps給的介紹沒有過分強調這個東東，所以一般使用時也不用刻意注意這個。按照說法，這個是lammps多cpu并行計算時用到的處理方式。本來，一個cpu會只計算分配給它的部分原子。但是，問題在于如果某些原子在邊界上，邊界另一邊相鄰著的其他原子被分到了別的cpu，這樣當前cpu就感知不到這些原子的作用力了�？稍娱g作用力在某些材料中會有很長距離（cutoff）；所以當前cpu分配到的最遠的原子所相鄰的被分配到別的cpu的原子會保留一份數(shù)據(jù)給當前cpu。也就是說這些邊界上的原子會同時重復存在于多個cpu各自的原子列表里。于是我猜這些跨邊界到別的cpu（但不屬于別的cpu）一同參與作用力計算的的原子被給了個名叫“ghost atoms”。 有點啰嗦，打個比方不一定對。假設系統(tǒng)有10個原子，左右兩個cpu并行處理，左分到了1-5個，右分到了6-10個。如果該材料的cutoff要2個原子的距離，那么為了保證左cpu的第5個原子能感受到與其相鄰的6,7號原子作用力，要把右cpu的6,7號原子數(shù)據(jù)給共享給左cpu，所以給了一份數(shù)據(jù)到左cpu。于是左cpu的原子列表變成了1-7號原子。同理，右cpu的原子列表變成了4-10號原子。左cpu的6,7號原子本不屬于它，但信息被放了進來用于計算，所以這兩個原子成了“ghost atoms”。 |
2樓2019-09-04 10:50:07
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 hyliao 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調劑推薦 材料 304 +15 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 15/750 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調劑 +8 | 張zz111 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學 +6 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
[考研] 308求調劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分，求調劑 +9 | 大饞小子 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿211，335分，0856，求調劑院校和導師 +4 | 傾____蕭 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 324求調劑 +8 | hanamiko 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 284求調劑 +11 | junqihahaha 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 351求調劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學與工程求調劑 +4 | 柳溪邊 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調劑 +6 | Koxui 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 263求調劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學化學學碩0703總分337求調劑 +7 | niko- 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化工專碩求調劑 +3 | question挽風 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 277分求調劑，跨調材料 +3 | 考研調劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 26申博自薦 +3 | whh869393 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 石河子大學（211、雙一流）碩博研究生長期招生公告 +3 | 李子目 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 315分，誠求調劑，材料與化工085600 +3 | 13756423260 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|