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分子模擬，ghost atom
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| 學(xué)了這么久的分子模擬。但對分子模擬中的ghost atom 還是不太懂。不知道是不是一個原子的周期性的影像原子。 |
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hyliao(金幣+1): 謝謝參與
hyliao(金幣+1): 謝謝參與
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摘自百度回答者Jersey_zheng ： Lammps給的介紹沒有過分強調(diào)這個東東，所以一般使用時也不用刻意注意這個。按照說法，這個是lammps多cpu并行計算時用到的處理方式。本來，一個cpu會只計算分配給它的部分原子。但是，問題在于如果某些原子在邊界上，邊界另一邊相鄰著的其他原子被分到了別的cpu，這樣當(dāng)前cpu就感知不到這些原子的作用力了�？稍娱g作用力在某些材料中會有很長距離（cutoff）；所以當(dāng)前cpu分配到的最遠(yuǎn)的原子所相鄰的被分配到別的cpu的原子會保留一份數(shù)據(jù)給當(dāng)前cpu。也就是說這些邊界上的原子會同時重復(fù)存在于多個cpu各自的原子列表里。于是我猜這些跨邊界到別的cpu（但不屬于別的cpu）一同參與作用力計算的的原子被給了個名叫“ghost atoms”。 有點啰嗦，打個比方不一定對。假設(shè)系統(tǒng)有10個原子，左右兩個cpu并行處理，左分到了1-5個，右分到了6-10個。如果該材料的cutoff要2個原子的距離，那么為了保證左cpu的第5個原子能感受到與其相鄰的6,7號原子作用力，要把右cpu的6,7號原子數(shù)據(jù)給共享給左cpu，所以給了一份數(shù)據(jù)到左cpu。于是左cpu的原子列表變成了1-7號原子。同理，右cpu的原子列表變成了4-10號原子。左cpu的6,7號原子本不屬于它，但信息被放了進(jìn)來用于計算，所以這兩個原子成了“ghost atoms”。 |
2樓2019-09-04 10:50:07
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