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xk6891至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
請教關(guān)于in cell形式向original形式坐標(biāo)轉(zhuǎn)化的fortran算法
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苦思冥想了一天，沒有想到適合的算法，想法是想將一個(gè)in cell形式（所有原子在晶格內(nèi)部）轉(zhuǎn)化為original形式（將原子表示成完整分子形式），請高手指導(dǎo)一個(gè)思路，拜謝了 in-cell original 起初的想法是 將距離ADHE面附近一定距離處的原子加上一個(gè)晶格長度，與BCGF面內(nèi)的原子計(jì)算距離以確定是否成鍵；同理，將距離ABEF面附近一定距離處的原子加上一個(gè)晶格長度，與CDHG面內(nèi)的原子計(jì)算距離,以確定是否成鍵。同樣的方法處理第三對表面。 但出現(xiàn)的問題是ADHE面附近一定距離處的原子可能與別的原子形成了某個(gè)分子上的基團(tuán)，移動了一個(gè)原子，其余原子如何配對跟著移動，這是其一。其二可以看到畫出的距離ADHE面和ABEF面的兩個(gè)小區(qū)域會產(chǎn)生一個(gè)交集，如果一個(gè)分子存在此處并在BA方向上和DA方向各外延出一個(gè)原子，如何處理。棘手棘手。 [ Last edited by xk6891 on 2011-6-29 at 15:08 ] |
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2樓2011-06-29 16:15:57
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3樓2011-06-30 14:52:18
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4樓2011-07-04 19:42:22
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