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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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Guassian和VASP計(jì)算過(guò)渡態(tài)的原理和算法上差別在哪里？
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VASP是在周期性模型中，用string, elastic band等模型來(lái)描述反應(yīng)路徑的。實(shí)際上是分析勢(shì)能面上的能量走勢(shì)。 Gaussian怎么算過(guò)渡態(tài)呢？是不是一樣的原理？有什么差別？ |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009(金幣+3): 2012-01-10 16:48:35
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zhou2009(金幣+3): 2012-01-10 16:48:35
| Gaussian是在零維模型中，用TS(實(shí)際上是berny算法，RFO/P-RFO法或牛頓法)，QSTn(n=2,3，QST2是二次同步轉(zhuǎn)變方法；而QST3是由用戶(hù)自己為QST2提供TS的初猜)等模型來(lái)描述反應(yīng)路徑的。而不管是過(guò)渡態(tài)的計(jì)算還是IRC的計(jì)算，實(shí)際上仍舊是分析勢(shì)能面上的能量走勢(shì)。 |
2樓2012-01-10 16:33:32
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3樓2012-01-10 16:37:28
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cenwanglai(金幣+5): ★★★★★最佳答案 非常感謝sobereva MM 2012-01-11 09:24:05
cenwanglai(金幣+5): ★★★★★最佳答案 非常感謝sobereva MM 2012-01-11 09:24:05
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VASP和Gaussian所用到的搜索過(guò)渡態(tài)、確定IRC的方法在這里詳細(xì)討論過(guò) http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... Stamp=1326195337907 http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... ee62da572c841f.html string、NEB這類(lèi)方法，獲得的是勢(shì)能面上兩個(gè)極小點(diǎn)之間的最小能量路徑，以化學(xué)的角度來(lái)說(shuō)，就是一次性將IRC和過(guò)渡態(tài)同時(shí)確定了。原理可以簡(jiǎn)單描述為將一串珠子的兩端分別固定在勢(shì)能面上反應(yīng)物和產(chǎn)物的位置上，然后讓這串珠子自行弛豫，最后這串珠子就描述出了最小能量路徑（或稱(chēng)IRC），而這個(gè)路徑也經(jīng)過(guò)了過(guò)渡態(tài)位置。 實(shí)際上在Gaussian中path=N的方法也可以達(dá)到同樣的目的，但是原理還是很不同的。 在Gaussian中用的方法都是人為指定（opt=ts）或者以自動(dòng)方式（QST2,QST3）給出初猜位置，然后通過(guò)不同的迭代方法（berny、GEDIIS等）從這個(gè)初猜位置逐漸收斂到過(guò)渡態(tài)位置。若再想獲得IRC則從過(guò)渡態(tài)位置開(kāi)始順著虛頻矢量方向以不同方法做迭代。 無(wú)論是VASP還是Gaussian用的方法，研究的都是勢(shì)能面結(jié)構(gòu)，只不過(guò)算法的思路有本質(zhì)不同。原理上講，VASP的那些方法可以用在Gaussian上，Gaussian的方法也能用在VASP里。 |
6樓2012-01-10 19:50:17
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7樓2012-01-10 19:51:34
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8樓2012-01-12 14:49:21
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