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[交流] 怎么查到表達(dá)特定蛋白的細(xì)胞?

文獻(xiàn)中找，是個(gè)方法，但是效率太低了？有更好的方法么？

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1樓 2011-07-08 13:16:11

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這個(gè)第二種方法，即通過(guò)blast還是詳細(xì)賜教下好不好

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3樓2011-07-08 16:53:46

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gwbk

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★ ★ ★ ★ ★ ★
256k(金幣+1):謝謝參與
256k(金幣+3): 2011-07-08 16:52:54
西瓜(金幣+5, EPI+1): Good！ 2011-07-08 19:07:19

其實(shí)呢，找到參考文獻(xiàn)是比較簡(jiǎn)單的方法，下面是比較復(fù)雜一點(diǎn)的，有可能找出上萬(wàn)條相似序列，很難篩選的。
1，去NCBI上找就可以，比如你要找的蛋白名稱是aspartate semialdehyde dehydrogenase，在搜索欄輸入“aspartate semialdehyde dehydrogenase”，search選擇“protein”。搜索出來(lái)的蛋白名稱后面有個(gè)[ ]，比如aspartate semialdehyde dehydrogenase [Bacteroides helcogenes P 36-108]，括號(hào)里面就是你想要的菌名稱。
2，如果你知道序列，也可以通過(guò)blast的方法尋找菌株。這個(gè)就不用詳細(xì)介紹了吧。這個(gè)方法最準(zhǔn)確。
3，去EBI尋找aspartate semialdehyde dehydrogenase，搜索之后，在左側(cè)欄有個(gè)分類，什么基因，蛋白啊，很詳細(xì)。進(jìn)入in srs以后可以看到Organism source和Taxonomy 等信息。
還有很多數(shù)據(jù)庫(kù)可以用。我基本都在這兩個(gè)庫(kù)查。

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2樓2011-07-08 16:06:49

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gwbk

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dhd997(金幣+5, EPI+1): 牛啊，視頻也可以做。 2011-07-09 08:08:43

我這網(wǎng)速好慢啊~~

這個(gè)說(shuō)起來(lái)比較麻煩，干脆做個(gè)視頻吧~

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4樓2011-07-08 20:27:41

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送鮮花一朵

thank you very much

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5樓2011-07-09 09:28:47

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