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做分子的兄弟姐妹們平時(shí)常用的設(shè)計(jì)分析軟件都有哪些呢？給新手指點(diǎn)一下吧O(∩_∩)O
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因?yàn)橄嚓P(guān)的軟件真的很多，想請(qǐng)教一下做分子的兄弟姐妹們平時(shí)常用的設(shè)計(jì)分析軟件都有哪些呢？最好說(shuō)一下優(yōu)缺點(diǎn)和基本的作用，都來(lái)說(shuō)說(shuō)吧，交流一下O(∩_∩)O~~~給新手做些指點(diǎn)  |
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2樓2011-07-09 15:32:18
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+6, EPI+1): 真是夠辛苦，不給都不行，有沒有興趣做個(gè)專家。幫助一下大家嘛 2011-07-09 18:16:19
西點(diǎn)6688(金幣+3): 很有參考價(jià)值，謝謝參與！O(∩_∩)O 2011-07-11 10:17:54
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+6, EPI+1): 真是夠辛苦，不給都不行，有沒有興趣做個(gè)專家。幫助一下大家嘛 2011-07-09 18:16:19
西點(diǎn)6688(金幣+3): 很有參考價(jià)值，謝謝參與！O(∩_∩)O 2011-07-11 10:17:54
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1，SAS，最新版本，9.2，超級(jí)大軟件，10.5G：實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)挖掘等功能強(qiáng)大。絕大多數(shù)期刊雜志都認(rèn)可的數(shù)據(jù)分析軟件，比我們常用的SPSS、Origin、Systat SigmaPlot強(qiáng)，支持編程。 最初接觸這個(gè)軟件是優(yōu)化培養(yǎng)基配方，響應(yīng)面方法中設(shè)計(jì)CCD、Box-Benhnken（BBD）實(shí)驗(yàn)，確實(shí)很強(qiáng)大。 2，Design Expert 8，個(gè)頭很小，不到10M，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)單易用。 3，正交設(shè)計(jì)助手II 3.1，專門做正交設(shè)計(jì)的。 4，DPS，國(guó)產(chǎn)軟件，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，數(shù)據(jù)分析，國(guó)內(nèi)這方面的經(jīng)典。 5，MatLab，這個(gè)，很牛的說(shuō),，生物信息學(xué)必備。 6，s-plus8：S 語(yǔ)言是由AT&T 貝爾實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的一種用來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)探索、統(tǒng)計(jì)分析、作圖的解釋型語(yǔ)言。它的豐富的數(shù)據(jù)類型（向量、數(shù)組、列表、對(duì)象等）特別有利于實(shí)現(xiàn)新的統(tǒng)計(jì)算法，其交互式運(yùn)行方式及強(qiáng)大的圖形及交互圖形功能使得我們可以方便的探索數(shù)據(jù)。 |
3樓2011-07-09 16:03:32
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+5): 這一樓支追加金幣了，見諒了哦 2011-07-10 08:26:08
西點(diǎn)6688(金幣+7): 正在學(xué)習(xí)，謝謝貢獻(xiàn)~ 2011-12-01 17:54:44
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+5): 這一樓支追加金幣了，見諒了哦 2011-07-10 08:26:08
西點(diǎn)6688(金幣+7): 正在學(xué)習(xí)，謝謝貢獻(xiàn)~ 2011-12-01 17:54:44
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7，引物設(shè)計(jì)軟件primer 5和oligo7，我覺得primer6并不是5的升級(jí)，引物設(shè)計(jì)還是推薦用primer5。設(shè)計(jì)好的引物，在primer里只有分?jǐn)?shù)值指的稱道，其他方面的評(píng)估不夠，比如引物發(fā)卡結(jié)構(gòu)，引物錯(cuò)配、二聚體等顯示不夠明晰，而oligo正好彌補(bǔ)了這個(gè)缺陷。PS：結(jié)合使用更好。 8，Vector NTI，從標(biāo)題上來(lái)看，這個(gè)軟件是做載體，或者說(shuō)是構(gòu)建質(zhì)粒的，其實(shí)這是一個(gè)綜合軟件，包括引物設(shè)計(jì)、Invitrogen載體庫(kù)、凝膠模擬、Assemble、Alignment等，還支持蛋白質(zhì)PDB數(shù)據(jù)，觀看修改3D蛋白。類似的軟件有Gene Construction Kit、win plas、simvector、bvplasmid、Noeclone、clonemanager等。推薦Vector NTI。 9，凝膠圖像處理軟件：Bandscan5、QuantityOne、Totallab120、Gelpro、ImageJ、Bandleader等。個(gè)人推薦QuantiyOne和Gelpro，可以很方便的模擬計(jì)算出條帶的分子量、計(jì)算條帶百含量分比等數(shù)據(jù)。totallab也比較強(qiáng)悍，但是網(wǎng)絡(luò)上鮮有破解版本，如果老板有金子，還是購(gòu)買這個(gè)Totallab吧~ 10，DNAstar是一個(gè)綜合軟件，包含了7個(gè)模塊：SeqBuilder - 可視化和序列編輯；SeqMan Pro - 序列集結(jié)和SNP發(fā)現(xiàn)；MegAlign - 序列組合；PrimerSelect - oligo primer 設(shè)計(jì)；Protean - 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測(cè)；GeneQuest - 基因查找；EditSeq - 導(dǎo)入特殊文件工具。我經(jīng)常用到的是seqman，很不錯(cuò)的。現(xiàn)在版本已經(jīng)更新到9。推薦。 11，BioEdit是一個(gè)序列編輯器與分析工具軟件。功能包括：序列編輯、外掛分析程序、RNA分析、尋找特征序列、支持超過(guò)20000個(gè)序列的多序列文件、基本序列處理功能、質(zhì)粒圖繪制等。 12，DNAsis MAX：綜合性低級(jí)結(jié)構(gòu)分析軟件，包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)分析等，有興趣的蟲子可以研究一下。平時(shí)我都用來(lái)做蛋白質(zhì)序列比對(duì)的。 13，Clustal和Mega5：多重序列比對(duì)軟件，全免費(fèi)，Mega5可以做比較漂亮的進(jìn)化樹。同類軟件：GeneDoc。 14，DNAMAN 是美國(guó) Lynnon Biosoft 公司開發(fā)的高度集成化的分子生物學(xué)綜合應(yīng)用軟件，可以用于多序列比對(duì)、PCR 引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、質(zhì)粒繪圖、蛋白質(zhì)分析等，幾乎囊括了所有日常核酸、蛋白質(zhì)序列的分析工作。 15，discovery studio，DS。DS目前的主要功能包括：蛋白質(zhì)的表征、同源建模、X-ray分析、基于結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì)工具（包括配體-蛋白質(zhì)相互作用、全新藥物設(shè)計(jì)和分子對(duì)接）。DS可以觀看PDB蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，同時(shí)能夠提供大量相關(guān)信息，如酶的活性位點(diǎn)、配體等。同類軟件：Lammps、Gromacs、Amber、Namd、Materials Studio、gaussian等。推薦：DS，搞分子模擬的除外。~,^ 還有好多很好用的軟件，希望大家多多參與~ |
4樓2011-07-09 20:37:17
6樓2013-01-05 11:36:24
簡(jiǎn)單回復(fù)
2012-01-18 17:23
回復(fù)
西點(diǎn)6688: 金幣+1 2012-04-28 16:10:24
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