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做分子的兄弟姐妹們平時常用的設計分析軟件都有哪些呢？給新手指點一下吧O(∩_∩)O
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因為相關的軟件真的很多，想請教一下做分子的兄弟姐妹們平時常用的設計分析軟件都有哪些呢？最好說一下優(yōu)缺點和基本的作用，都來說說吧，交流一下O(∩_∩)O~~~給新手做些指點  |
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 生物信息學軟件應用 | 【分子生物】EPI帖 | 每天一點點 |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+5): 這一樓支追加金幣了，見諒了哦 2011-07-10 08:26:08
西點6688(金幣+7): 正在學習，謝謝貢獻~ 2011-12-01 17:54:44
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+5): 這一樓支追加金幣了，見諒了哦 2011-07-10 08:26:08
西點6688(金幣+7): 正在學習，謝謝貢獻~ 2011-12-01 17:54:44
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7，引物設計軟件primer 5和oligo7，我覺得primer6并不是5的升級，引物設計還是推薦用primer5。設計好的引物，在primer里只有分數(shù)值指的稱道，其他方面的評估不夠，比如引物發(fā)卡結(jié)構(gòu)，引物錯配、二聚體等顯示不夠明晰，而oligo正好彌補了這個缺陷。PS：結(jié)合使用更好。 8，Vector NTI，從標題上來看，這個軟件是做載體，或者說是構(gòu)建質(zhì)粒的，其實這是一個綜合軟件，包括引物設計、Invitrogen載體庫、凝膠模擬、Assemble、Alignment等，還支持蛋白質(zhì)PDB數(shù)據(jù)，觀看修改3D蛋白。類似的軟件有Gene Construction Kit、win plas、simvector、bvplasmid、Noeclone、clonemanager等。推薦Vector NTI。 9，凝膠圖像處理軟件：Bandscan5、QuantityOne、Totallab120、Gelpro、ImageJ、Bandleader等。個人推薦QuantiyOne和Gelpro，可以很方便的模擬計算出條帶的分子量、計算條帶百含量分比等數(shù)據(jù)。totallab也比較強悍，但是網(wǎng)絡上鮮有破解版本，如果老板有金子，還是購買這個Totallab吧~ 10，DNAstar是一個綜合軟件，包含了7個模塊：SeqBuilder - 可視化和序列編輯；SeqMan Pro - 序列集結(jié)和SNP發(fā)現(xiàn)；MegAlign - 序列組合；PrimerSelect - oligo primer 設計；Protean - 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析和預測；GeneQuest - 基因查找；EditSeq - 導入特殊文件工具。我經(jīng)常用到的是seqman，很不錯的�，F(xiàn)在版本已經(jīng)更新到9。推薦。 11，BioEdit是一個序列編輯器與分析工具軟件。功能包括：序列編輯、外掛分析程序、RNA分析、尋找特征序列、支持超過20000個序列的多序列文件、基本序列處理功能、質(zhì)粒圖繪制等。 12，DNAsis MAX：綜合性低級結(jié)構(gòu)分析軟件，包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)分析等，有興趣的蟲子可以研究一下。平時我都用來做蛋白質(zhì)序列比對的。 13，Clustal和Mega5：多重序列比對軟件，全免費，Mega5可以做比較漂亮的進化樹。同類軟件：GeneDoc。 14，DNAMAN 是美國 Lynnon Biosoft 公司開發(fā)的高度集成化的分子生物學綜合應用軟件，可以用于多序列比對、PCR 引物設計、限制性酶切分析、質(zhì)粒繪圖、蛋白質(zhì)分析等，幾乎囊括了所有日常核酸、蛋白質(zhì)序列的分析工作。 15，discovery studio，DS。DS目前的主要功能包括：蛋白質(zhì)的表征、同源建模、X-ray分析、基于結(jié)構(gòu)藥物設計工具（包括配體-蛋白質(zhì)相互作用、全新藥物設計和分子對接）。DS可以觀看PDB蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，同時能夠提供大量相關信息，如酶的活性位點、配體等。同類軟件：Lammps、Gromacs、Amber、Namd、Materials Studio、gaussian等。推薦：DS，搞分子模擬的除外。~,^ 還有好多很好用的軟件，希望大家多多參與~ |
4樓2011-07-09 20:37:17
天使托
專家顧問 (職業(yè)作家)
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專家經(jīng)驗: +57 - MolEPI: 106
- 應助: 95 (初中生)
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2樓2011-07-09 15:32:18
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+6, EPI+1): 真是夠辛苦，不給都不行，有沒有興趣做個專家。幫助一下大家嘛 2011-07-09 18:16:19
西點6688(金幣+3): 很有參考價值，謝謝參與！O(∩_∩)O 2011-07-11 10:17:54
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+6, EPI+1): 真是夠辛苦，不給都不行，有沒有興趣做個專家。幫助一下大家嘛 2011-07-09 18:16:19
西點6688(金幣+3): 很有參考價值，謝謝參與！O(∩_∩)O 2011-07-11 10:17:54
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1，SAS，最新版本，9.2，超級大軟件，10.5G：實驗設計、數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)挖掘等功能強大。絕大多數(shù)期刊雜志都認可的數(shù)據(jù)分析軟件，比我們常用的SPSS、Origin、Systat SigmaPlot強，支持編程。 最初接觸這個軟件是優(yōu)化培養(yǎng)基配方，響應面方法中設計CCD、Box-Benhnken（BBD）實驗，確實很強大。 2，Design Expert 8，個頭很小，不到10M，實驗設計簡單易用。 3，正交設計助手II 3.1，專門做正交設計的。 4，DPS，國產(chǎn)軟件，實驗設計，數(shù)據(jù)分析，國內(nèi)這方面的經(jīng)典。 5，MatLab，這個，很牛的說,，生物信息學必備。 6，s-plus8：S 語言是由AT&T 貝爾實驗室開發(fā)的一種用來進行數(shù)據(jù)探索、統(tǒng)計分析、作圖的解釋型語言。它的豐富的數(shù)據(jù)類型（向量、數(shù)組、列表、對象等）特別有利于實現(xiàn)新的統(tǒng)計算法，其交互式運行方式及強大的圖形及交互圖形功能使得我們可以方便的探索數(shù)據(jù)。 |
3樓2011-07-09 16:03:32
6樓2013-01-05 11:36:24
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