 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1223 | 回復(fù): 9 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
vigaryang木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
如何利用剛性掃描改變復(fù)合物的構(gòu)型
|
||
| 在研究兩個分子A和B的相互作用時(shí)，需要先得到由這兩個分子形成的復(fù)合物的最優(yōu)構(gòu)型。在通常情況下，我會通過將分子A放在分子B四周不同位置得到多個初始構(gòu)型，再分別進(jìn)行高斯計(jì)算得到。然而，由于這次要計(jì)算的兩個分子都比較大，難以做到對大量的初始構(gòu)型進(jìn)行優(yōu)化計(jì)算，因此打算利用剛性掃描篩選出一到數(shù)個較為合適的初始構(gòu)型。在掃描中，需要改變分子A作為一個整體相對于分子B的位置。但是，我在查閱高斯指南對scan關(guān)鍵詞的介紹時(shí)，發(fā)現(xiàn)只給出了掃描鍵長、二面角等局域幾何參數(shù)的例子，而沒有給出掃描某個片段整體位移的方法。因此，想請教各位，對于我這種情況，scan的輸入文件應(yīng)當(dāng)怎樣編輯？謝謝！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
能源環(huán)境新材料研究團(tuán)隊(duì) 研究生調(diào)劑招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
青島大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院2026年招收調(diào)劑碩士研究生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有157人回復(fù)
-
新能源材料方向考研調(diào)劑招生（長江師范學(xué)院）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
0854電子信息272求調(diào)劑！
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)-化工-材料-食品-生物-環(huán)境2026年研究生調(diào)劑（可以不考數(shù)學(xué)）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)-化工-材料-食品-生物-環(huán)境-農(nóng)業(yè) 2026年研究生調(diào)劑（可以不考數(shù)學(xué)）
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
26年儲能、電池方向博士申請
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
青島大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院2026年招收調(diào)劑碩士研究生
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 軟骨支架材料新進(jìn)展
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 急 問下我的化合物通過什么方法可以確定絕對構(gòu)型
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 關(guān)于HMBC譜可否判斷雙鍵化合物的Z/E構(gòu)型
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 在MS的DPD模擬中，如何使粗�；肿泳哂袆傂越Y(jié)構(gòu)？
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 如何確定核苷化合物的α和β構(gòu)型？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 手性化合物絕對構(gòu)型的確定方法？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- DBU使手性化合物構(gòu)型發(fā)生反轉(zhuǎn)的機(jī)理
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】如果是一個手性化合物，能夠通過二維核磁確定絕對構(gòu)型嗎？
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【求助】請問用什么軟件模擬一個化合物并能優(yōu)化構(gòu)型計(jì)算出分子大小
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】請問如何利用Guassian計(jì)算離子化合物的最佳構(gòu)型��？
已經(jīng)有5人回復(fù)
vigaryang
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 3466.3
- 散金: 677
- 紅花: 6
- 帖子: 471
- 在線: 495.7小時(shí)
- 蟲號: 227097
- 注冊: 2006-03-23
- 性別: GG
- 專業(yè): 應(yīng)用化學(xué)
|
謝謝回答，不過請問一下下面這段文獻(xiàn)所描述的計(jì)算過程應(yīng)當(dāng)怎樣實(shí)現(xiàn)，這篇文章是研究Emim+陽離子和F-陰離子之間的相互作用的，這段文字是在介紹復(fù)合物構(gòu)型的優(yōu)化方法： The optimized geometry and orientation (Z-matrix) for the Emim 1 cation was con- strained (origin C2, C2 H2 defines z-axis, C2 H2 N1 defines the xz plane) and an imaginary gridded box (1 Å spacing) was constructed surrounding the cation, spanning approximately 2 Å away from the closest atom on each face. The atomic x and z coordinates had ranges of ( 3.02 to 4.13) and ( 2.94 to 1.08), respectively. For the six box faces generated, the fluoride ion (as defined by Cartesian coordinates) was allowed to move to each position of the grid where a HF/STO-3G energy was calculated. 不知上述計(jì)算方法應(yīng)如何實(shí)現(xiàn)，如何在掃描中使用了網(wǎng)格，謝謝。 |
5樓2011-07-11 19:42:10
2樓2011-07-10 01:35:59
游子8921
鐵桿木蟲 (知名作家)
游子8921
- 應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
- 金幣: 8915.2
- 散金: 132
- 紅花: 5
- 帖子: 6402
- 在線: 750.9小時(shí)
- 蟲號: 685694
- 注冊: 2009-01-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2011-07-10 21:05:58
4樓2011-07-10 21:32:33
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085601 329分調(diào)劑 +4 | yzsa12 2026-03-31 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 370求調(diào)劑 +3 | 080700調(diào)劑 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +4 | xiao愛同學(xué) 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266分，求材料相關(guān)專業(yè)調(diào)劑 +6 | 哇呼哼呼哼 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +10 | dongfang59 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求收留 +6 | 1943443204 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 286分調(diào)劑 +10 | Faune 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +16 | 李李不服輸 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 材料專碩 085600求調(diào)劑 +7 | BBQ233 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專碩調(diào)劑 +11 | 椰椰。 2026-03-29 | 11/550 |
|
|
|
[基金申請] 面上5B能上會嗎？ +7 | redcom 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 生物技術(shù)與工程 +7 | 1294608413 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085602 化學(xué)工程專碩 340分求調(diào)劑 +4 | qianbai11 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +10 | 蛋黃咸肉粽 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +12 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +12 | PolarBear11 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 安徽大學(xué)專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級，六級521，求調(diào)劑 +4 | 美味可樂雞翅 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大085600，310分求調(diào)劑 +5 | 李瀟可 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|