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vigaryang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何利用剛性掃描改變復(fù)合物的構(gòu)型
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| 在研究兩個分子A和B的相互作用時，需要先得到由這兩個分子形成的復(fù)合物的最優(yōu)構(gòu)型。在通常情況下，我會通過將分子A放在分子B四周不同位置得到多個初始構(gòu)型，再分別進行高斯計算得到。然而，由于這次要計算的兩個分子都比較大，難以做到對大量的初始構(gòu)型進行優(yōu)化計算，因此打算利用剛性掃描篩選出一到數(shù)個較為合適的初始構(gòu)型。在掃描中，需要改變分子A作為一個整體相對于分子B的位置。但是，我在查閱高斯指南對scan關(guān)鍵詞的介紹時，發(fā)現(xiàn)只給出了掃描鍵長、二面角等局域幾何參數(shù)的例子，而沒有給出掃描某個片段整體位移的方法。因此，想請教各位，對于我這種情況，scan的輸入文件應(yīng)當(dāng)怎樣編輯？謝謝！ |
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2樓2011-07-10 01:35:59
游子8921
鐵桿木蟲 (知名作家)
游子8921
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3樓2011-07-10 21:05:58
4樓2011-07-10 21:32:33
vigaryang
木蟲 (正式寫手)
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謝謝回答，不過請問一下下面這段文獻所描述的計算過程應(yīng)當(dāng)怎樣實現(xiàn)，這篇文章是研究Emim+陽離子和F-陰離子之間的相互作用的，這段文字是在介紹復(fù)合物構(gòu)型的優(yōu)化方法： The optimized geometry and orientation (Z-matrix) for the Emim 1 cation was con- strained (origin C2, C2 H2 defines z-axis, C2 H2 N1 defines the xz plane) and an imaginary gridded box (1 Å spacing) was constructed surrounding the cation, spanning approximately 2 Å away from the closest atom on each face. The atomic x and z coordinates had ranges of ( 3.02 to 4.13) and ( 2.94 to 1.08), respectively. For the six box faces generated, the fluoride ion (as defined by Cartesian coordinates) was allowed to move to each position of the grid where a HF/STO-3G energy was calculated. 不知上述計算方法應(yīng)如何實現(xiàn)，如何在掃描中使用了網(wǎng)格，謝謝。 |
5樓2011-07-11 19:42:10
6樓2011-07-13 16:33:48
7樓2011-07-13 16:57:39
8樓2011-07-13 17:03:05
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10樓2011-07-13 18:20:36
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