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vigaryang木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
如何利用剛性掃描改變復(fù)合物的構(gòu)型
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| 在研究?jī)蓚�(gè)分子A和B的相互作用時(shí)，需要先得到由這兩個(gè)分子形成的復(fù)合物的最優(yōu)構(gòu)型。在通常情況下，我會(huì)通過(guò)將分子A放在分子B四周不同位置得到多個(gè)初始構(gòu)型，再分別進(jìn)行高斯計(jì)算得到。然而，由于這次要計(jì)算的兩個(gè)分子都比較大，難以做到對(duì)大量的初始構(gòu)型進(jìn)行優(yōu)化計(jì)算，因此打算利用剛性掃描篩選出一到數(shù)個(gè)較為合適的初始構(gòu)型。在掃描中，需要改變分子A作為一個(gè)整體相對(duì)于分子B的位置。但是，我在查閱高斯指南對(duì)scan關(guān)鍵詞的介紹時(shí)，發(fā)現(xiàn)只給出了掃描鍵長(zhǎng)、二面角等局域幾何參數(shù)的例子，而沒(méi)有給出掃描某個(gè)片段整體位移的方法。因此，想請(qǐng)教各位，對(duì)于我這種情況，scan的輸入文件應(yīng)當(dāng)怎樣編輯？謝謝！ |
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8樓2011-07-13 17:03:05
2樓2011-07-10 01:35:59
游子8921
鐵桿木蟲(chóng) (知名作家)
游子8921
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3樓2011-07-10 21:05:58
4樓2011-07-10 21:32:33
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