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aimonkey金蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何解析優(yōu)化不到的中間體
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| 情況是這樣的:作者提出的可能的路徑中，有一個中間體我優(yōu)化不到，現(xiàn)在認(rèn)為那個中間體并不是作者提出的路徑中的一個穩(wěn)定的中間體，現(xiàn)在的問題是如何對這個情況進(jìn)行解析，有沒有文獻(xiàn)也提到過類似的情況，別人是怎樣解析的，如果有這樣的文獻(xiàn)，請告知。自己也在查找中，謝謝蟲友相助 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
aimonkey(金幣+5): thank you 2011-07-12 20:22:21
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻(xiàn)，獎勵一下！ 2011-07-12 21:14:42
aimonkey(金幣+5): thank you 2011-07-12 20:22:21
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻(xiàn)，獎勵一下！ 2011-07-12 21:14:42
| 作者提出的機(jī)理不一定是正確的，驗證的話方法有很多。如果你找到前面后者后面的過渡態(tài)了那調(diào)一下構(gòu)象然后優(yōu)化下看看優(yōu)化后的構(gòu)象是怎樣的，或者做irc分析。如果前后兩個構(gòu)象的差別不是很大scan也是可以接受的，看一下隨著主要變化的鍵長鍵角二面角的變化體系的能量的變化。當(dāng)然這是一些簡單驗證的方法，還有一種可能性是因為你方法本身的局限性，由于對一些弱相互作用考慮的不多而導(dǎo)致找不到那個穩(wěn)定的中間體構(gòu)象。對此最好仔細(xì)分析下你的體系然后決定該用哪一種方法，不要盲目的亂試…… |
2樓2011-07-12 18:25:02
aimonkey
金蟲 (正式寫手)
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3樓2011-07-12 20:45:29
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