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[交流]
關(guān)于真菌鑒定的問題
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正在鑒定一株真菌，18s rDNA和ITS測序比對，顯示和地絲霉屬同源性很近，99%以上。檢索地絲霉屬是子囊菌門，子囊菌門應(yīng)該都有隔膜的！但顯微觀察該菌卻沒有隔膜，不知該如何分類？附上圖片 [ Last edited by 木羊易 on 2011-7-15 at 20:34 ] |
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18樓2011-07-18 18:16:01
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amisking(金幣+3, EPI+1): 鼓勵應(yīng)助 2011-07-20 20:33:54
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amisking(金幣+3, EPI+1): 鼓勵應(yīng)助 2011-07-20 20:33:54
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NCBI上的序列長短不一，有的是完全包括兩個間隔區(qū)，有的不是。我曾經(jīng)用自己篩選得到的青霉的一條序列上去比對，發(fā)現(xiàn)18S和28S的區(qū)間都不好區(qū)分，這說明了兩個可能性： 1、真菌的18S和28S也是有很大很大的變異性的，使得它們的基因與間隔區(qū)的界限都不清晰，這顯然不可能。 2、很多科研工作者已提交到NCBI上的序列在測定的時候就已經(jīng)出錯，導(dǎo)致遞交了不正確的序列，而NCBI的員工是不負責(zé)鑒定序列是否正確，只會接收而已。其實真菌的18S和28S也是沒有多大變異性的，問題出在測序上。 3、在向NCBI提交序列時，序列來源的微生物是提交者自己填寫的，可以寫屬也可以寫種，但是NCBI的員工不會追究這一項數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，所以有的提交者就寫了種，但是其實并沒有通過更詳細的手段來鑒定到種，甚至有可能是自以為是某個種就填寫。以后的提交者比對上這條不準(zhǔn)確的序列時，可能又以其為標(biāo)準(zhǔn)來鑒定自己的菌株，這就是一錯百錯，以訛傳訛。 4、微生物的種的鑒定并不是僅依靠ITS，況且ITS存在不確定性，所以還應(yīng)該以其它手段來鑒定，ITS只是輔助手段。即使是已經(jīng)發(fā)表了文章的也不算，不是不可信，而是不算。 |
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木羊易23樓2011-07-20 19:20:43
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例如生理生化，主要是看對多種物質(zhì)的利用情況如何，與數(shù)據(jù)庫中的資料比對，可以確定 http://wenku.baidu.com/view/c7466b1ca300a6c30c229f2a.html http://www.docin.com/p-114079002.html 用16S鑒定可以到屬，這一項數(shù)據(jù)是應(yīng)該獲得的。 用掃描電鏡觀察和測量孢子、孢子梗、菌絲形態(tài)和大小，與模式菌株比較。 上述三項至少可以得到兩項，最好三項全得，發(fā)表文章把握就大了。 |
25樓2011-07-21 17:05:33
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31樓2011-08-11 07:40:53
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