 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 996 | 回復(fù): 3 | ||
xiaoyingw金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
mdrun 后坐標(biāo)變成這樣了？
|
|
我用gromacs4.5.2 ,隱式溶劑，跑50ps, 中間沒報錯，順利跑完后gro 文件就變成這樣了： solute in water 7525 2MOL O1 1 nan nan nan nan nan nan 2MOL C2 2 nan nan nan nan nan nan 2MOL C3 3 nan nan nan nan nan nan 2MOL O4 4 nan nan nan nan nan nan 2MOL C5 5 nan nan nan nan nan nan 2MOL O6 6 nan nan nan nan nan nan 2MOL C7 7 nan nan nan nan nan nan 2MOL C8 8 nan nan nan nan nan nan 2MOL C9 9 nan nan nan nan nan nan 2MOL C10 10 nan nan nan nan nan nan …… log文件開始就成這樣了： Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Grid: 9 x 8 x 10 cells Energies (kJ/mol) Bond Angle Ryckaert-Bell.GB Polarization Nonpolar Sol. 2.01408e+03 5.98962e+03 1.86174e+04 nan 1.63157e+03 LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) Disper. corr. Coulomb (SR) 8.09928e+03 9.72085e+04 2.69912e+06 -2.53109e+00 nan Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC (bar) nan nan nan nan -1.55606e-02 Pressure (bar) nan 請問大家這是什么情況呀？怎么解決呀？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
299求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京理工大學(xué)本科211材料工程294求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
招收生物學(xué)/細胞生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
調(diào)劑求院校招收
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
調(diào)劑310
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 好郁悶啊 就這樣被拒了
已經(jīng)有41人回復(fù)
- 求解論文中的不均勻的橫坐標(biāo)如何做？？？（附圖求真相）
已經(jīng)有9人回復(fù)
- under review直接變成awaiting desicion是什么情況？
已經(jīng)有27人回復(fù)
- 打算不用公式編輯器了，在word中直接輸入，這樣不用轉(zhuǎn)成JPG了吧？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 格式試劑引發(fā)后，變成乳白色粘稠狀，不好攪拌，為什么？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請問一下我這樣的科研背景可以申請去哪里的博后容易一些，對口一些
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 學(xué)院這樣做，我該怎么辦？
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【求助】originpro 畫圖時，能不能將其中某一縱坐標(biāo)著重顯示
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 后處理中display時如何指定坐標(biāo)面？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- origin這樣的坐標(biāo)刻度怎么設(shè)置
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 文獻插圖中縱坐標(biāo)無單位，表示為a.u.什么意思，數(shù)據(jù)處理成這樣的方法
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】玻碳電極在鐵氰化鉀里面的的循環(huán)伏安曲線怎么會變成這樣？求分析
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】單層石墨烯建模后，K點坐標(biāo)選取?
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 請幫我看看這樣的非等比例坐標(biāo)是什么意思?
已經(jīng)有9人回復(fù)
shengxiang
木蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 33 (小學(xué)生)
- 金幣: 805.5
- 散金: 2572
- 紅花: 9
- 帖子: 1460
- 在線: 154.1小時
- 蟲號: 800854
- 注冊: 2009-06-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2011-09-21 10:16:05
匿名
用戶注銷 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 36 (小學(xué)生)
- 金幣: 1850.4
- 散金: 1918
- 紅花: 8
- 帖子: 812
- 在線: 220.2小時
- 蟲號: 0
- 注冊: 2009-03-18
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2011-09-22 16:50:11
qphll
金蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 10
- 應(yīng)助: 18 (小學(xué)生)
- 金幣: 2708.7
- 散金: 2294
- 紅花: 8
- 帖子: 554
- 在線: 227.1小時
- 蟲號: 89654
- 注冊: 2005-08-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 碳素材料與超硬材料
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金幣+15): 2011-09-24 08:50:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金幣+15): 2011-09-24 08:50:40
|
嘗試輸出最初的幾十步, 看看你的體系能量是否合理. 有可能輸出的浮點數(shù)值超出合理的范圍了. 這有可能是你的初始結(jié)構(gòu)不夠理想 (可以先嘗試minimize一下?), 或者你的PBC設(shè)置不對, 有粒子跑離了盒子, 但是你又讓程序計算的時候包括所有的粒子. 總之, 初始結(jié)構(gòu)不理想, 很快就能看到nan; PBC不對, 可能前面跑得好好的, 但是后來忽然出現(xiàn)nan. 另外, 如果gromacs的編譯有問題的話, 也有可能會出現(xiàn)nan的錯誤. Hope it helps a bit. |
4樓2011-09-23 02:15:42
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 xiaoyingw 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +12 | 稻妻小編 2026-03-26 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點睡 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +5 | 愛羈絆 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿海大，0703化學(xué)學(xué)碩304分，有大創(chuàng)項目，四級已過 +7 | 幸運哩哩 2026-03-22 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 312，生物學(xué)求調(diào)劑 +3 | 小譯同學(xué)abc 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +9 | lin0039 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 希望上岸阿小楊 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)/290求調(diào)劑/本科經(jīng)歷豐富/工科也可 +9 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +5 | jhx777 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +4 | 柳溪邊 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +6 | jiajunX 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | plum李子 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 上海電力大學(xué)材料防護與新材料重點實驗室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境） +4 | 我愛學(xué)電池 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 13853210211 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 335求調(diào)劑 +4 | yuyu宇 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|