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xiaoyingw金蟲 (小有名氣)
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[求助]
mdrun 后坐標變成這樣了？
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我用gromacs4.5.2 ,隱式溶劑，跑50ps, 中間沒報錯，順利跑完后gro 文件就變成這樣了： solute in water 7525 2MOL O1 1 nan nan nan nan nan nan 2MOL C2 2 nan nan nan nan nan nan 2MOL C3 3 nan nan nan nan nan nan 2MOL O4 4 nan nan nan nan nan nan 2MOL C5 5 nan nan nan nan nan nan 2MOL O6 6 nan nan nan nan nan nan 2MOL C7 7 nan nan nan nan nan nan 2MOL C8 8 nan nan nan nan nan nan 2MOL C9 9 nan nan nan nan nan nan 2MOL C10 10 nan nan nan nan nan nan …… log文件開始就成這樣了： Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Grid: 9 x 8 x 10 cells Energies (kJ/mol) Bond Angle Ryckaert-Bell.GB Polarization Nonpolar Sol. 2.01408e+03 5.98962e+03 1.86174e+04 nan 1.63157e+03 LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) Disper. corr. Coulomb (SR) 8.09928e+03 9.72085e+04 2.69912e+06 -2.53109e+00 nan Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC (bar) nan nan nan nan -1.55606e-02 Pressure (bar) nan 請問大家這是什么情況呀？怎么解決呀？ |
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金幣+15): 2011-09-24 08:50:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金幣+15): 2011-09-24 08:50:40
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嘗試輸出最初的幾十步, 看看你的體系能量是否合理. 有可能輸出的浮點數(shù)值超出合理的范圍了. 這有可能是你的初始結構不夠理想 (可以先嘗試minimize一下?), 或者你的PBC設置不對, 有粒子跑離了盒子, 但是你又讓程序計算的時候包括所有的粒子. 總之, 初始結構不理想, 很快就能看到nan; PBC不對, 可能前面跑得好好的, 但是后來忽然出現(xiàn)nan. 另外, 如果gromacs的編譯有問題的話, 也有可能會出現(xiàn)nan的錯誤. Hope it helps a bit. |
4樓2011-09-23 02:15:42
shengxiang
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2樓2011-09-21 10:16:05
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3樓2011-09-22 16:50:11
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